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万見
- PDB-2qle: GFP/S205V mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qle
タイトルGFP/S205V mutant
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP mutant / alternative excited state proton transfer pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Green fluorescent protein / Green fluorescence protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Shu, X. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: An alternative excited-state proton transfer pathway in green fluorescent protein variant S205V.
著者: Shu, X. / Leiderman, P. / Gepshtein, R. / Smith, N.R. / Kallio, K. / Huppert, D. / Remington, S.J.
履歴
登録2007年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1068
ポリマ－107,8304
非ポリマー2764
水15,475859
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0272
ポリマ－26,9571
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0272
ポリマ－26,9571
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0272
ポリマ－26,9571
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0272
ポリマ－26,9571
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.832, 151.496, 59.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 26957.436 Da / 分子数: 4 / 変異: Q80R, S205V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
属: Azotobacter / 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: Q8GHE2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 100mM Imidazol pH 8.0, 1.1M Na Citrate at room temperature for 6-7 months., temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器日付: 2006年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 119117

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
TNT精密化
HKL-2000データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EMA

1ema


解像度: 1.59→10 Å
Rfactor反射数
Rfree0.256 -
Rwork0.176 -
all0.176 -
obs0.176 119117
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7077 0 20 864 7961

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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