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万見
- PDB-2okw: A non-invasive GFP-based biosensor for mercury ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okw
タイトルA non-invasive GFP-based biosensor for mercury ions
要素Green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / mercury / biosensor
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chapleau, R.R. / Blomberg, R. / Ford, P.C. / Sagermann, M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Design of a highly specific and noninvasive biosensor suitable for real-time in vivo imaging of mercury (II) uptake.
著者: Chapleau, R.R. / Blomberg, R. / Ford, P.C. / Sagermann, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Local complexity of amino acid interactions in a protein core.
著者: Jain, R.K. / Ranganathan, R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the Aequorea victoria green fluorescent protein.
著者: Ormo, M. / Cubitt, A.B. / Kallio, K. / Gross, L.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
E: Green fluorescent protein
F: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3906
ポリマ－161,3906
非ポリマー00
水20,8611158
1
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8981
ポリマ－26,8981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.178, 128.843, 147.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 26898.365 Da / 分子数: 6 / 変異: S65T, R80Q, S205C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET151 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT RESIDUE 64 IS A LEUCINE. RESIDUE 65 HAS BEEN MUTATED FROM SER TO THR AND RESIDUE ...AUTHORS STATE THAT RESIDUE 64 IS A LEUCINE. RESIDUE 65 HAS BEEN MUTATED FROM SER TO THR AND RESIDUE 80 IS AN ARG TO GLN MUTATION. RESIDUE 80 IS LISTED AS A GLN IN THE DATABASE REFERENCE BUT IS AN ARG ACCORDING TO ROUWENDAL ET AL., 1997 PLANT MOL. BIOL. 33, 989-999. RESIDUES THR 65, TYR 66, GLY 67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CRO

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Pipes, 30% PEG 8000, 200mM Na-acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979454 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日 / 詳細: single SI crystal flat mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979454 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.83 Å / Num. all: 156061 / Num. obs: 155659 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.16 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMB

1emb


解像度: 1.9→19.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: First 6 residues and the last c-terminal residues could not be modeled into the density. These residues were therefore omitted in the final model
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 10643 -RANDOM
Rwork0.2323 ---
all-156061 --
obs-132734 99.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.576 Å20 Å20 Å2
2--1.067 Å20 Å2
3---0.509 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10632 0 0 1158 11790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.374
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0054

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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