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- PDB-3dro: Crystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Antibody 2F5 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dro
タイトルCrystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Antibody 2F5 in complex with gp41 Peptide ELLELDKWASLWN grown in ammonium sulfate
要素
  • 2F5 Fab heavy chain
  • 2F5 Fab light chain
  • ELLELDKWASLWN gp41 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / gp41 / 2F5 / nmAb
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / membrane fusion involved in viral entry into host cell / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / membrane fusion involved in viral entry into host cell / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160 / Hepatitis B virus receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Bryson, S. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural details of HIV-1 recognition by the broadly neutralizing monoclonal antibody 2F5: epitope conformation, antigen-recognition loop mobility, and anion-binding site.
著者: Julien, J.P. / Bryson, S. / Nieva, J.L. / Pai, E.F.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年2月8日Group: Other
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2F5 Fab light chain
B: 2F5 Fab heavy chain
P: ELLELDKWASLWN gp41 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9673
ポリマ－49,9673
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.900, 76.500, 93.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 2F5 Fab light chain


分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma cells
#2: 抗体 2F5 Fab heavy chain


分子量: 24985.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma cells / 参照: UniProt: Q6PYX1*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド ELLELDKWASLWN gp41 peptide


分子量: 1617.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized by Fmoc chemistry. The sequence naturally occurs in Human immunodeficiency virus.
参照: UniProt: Q5S532, UniProt: P04578*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Fab fragment and peptide are incubated in a solution containing 0.01% Tween-20. Crystals are obatined from reservoir solution containing 0.1 M Nacitrate pH 5.6, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR ...詳細: Fab fragment and peptide are incubated in a solution containing 0.01% Tween-20. Crystals are obatined from reservoir solution containing 0.1 M Nacitrate pH 5.6, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→17 Å / Num. all: 4436 / Num. obs: 4156 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.01 % / Rmerge(I) obs: 0.282
反射 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / 冗長度: 5.69 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P8M

2p8m


解像度: 3.9→16.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 1409305.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 209 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 4156 93.6 %-
all-4436 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.0139 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.69 Å20 Å20 Å2
2--6.06 Å20 Å2
3----1.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→16.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 0 0 3321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.472.5
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 32 4.9 %
Rwork0.224 620 -
obs--90.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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