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万見
- PDB-3cvp: Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvp
タイトルStructure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to PTS1 peptide (10-SKL)
要素
  • 10-SKL PTS1 peptide Ac-GTLSNRASKL
  • Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TPR motifs / TPR protein / Peroxin 5 / PEX5 / PTS1 binding domain / Protein-peptide complex / Receptor / TPR repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisome targeting signal 1 receptor / Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights into the recognition of peroxisomal targeting signal 1 by Trypanosoma brucei peroxin 5.
著者: Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A. / Hol, W.G.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5
B: 10-SKL PTS1 peptide Ac-GTLSNRASKL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5942
ポリマ－37,5942
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.100, 66.277, 51.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT OF PROTEIN PEX5 IS MONOMER

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5


分子量: 36545.844 Da / 分子数: 1
断片: Peroxisomal Targeting Singal 1 (PTS1) binding domain of TbPEX5
変異: K378A/E379A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX5 / Plasmid details: Derivative pET28 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U7C3, UniProt: Q57W55*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド 10-SKL PTS1 peptide Ac-GTLSNRASKL


分子量: 1048.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.3M Potassium acetate, 0.1M sodium citrate monohydrate, pH 4.8 - 5.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
PH範囲: 4.8 - 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月28日 / 詳細: Osmic VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.95 Å / Num. all: 19960 / Num. obs: 19221 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.71 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1982 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1FCH

1fch


解像度: 2→32.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.834 / SU ML: 0.136 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 981 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 19217 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.04 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 0 99 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0951.9433044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1075283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24724.821112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90415324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4681513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.51452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05322251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7493877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8644.5792
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 67 -
Rwork0.269 1079 -
all-1146 -
obs--77.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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