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Yorodumi- PDB-3cvq: Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cvq | ||||||
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Title | Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to PTS1 peptide (7-SKL) | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TPR motifs / TPR protein / Peroxin 5 / PEX5 / PTS1 binding domain / Protein-peptide complex / Receptor / TPR repeat | ||||||
Function / homology | Function and homology information peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.01 Å | ||||||
Authors | Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Structural Insights into the recognition of peroxisomal targeting signal 1 by Trypanosoma brucei peroxin 5. Authors: Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A. / Hol, W.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cvq.cif.gz | 71.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3cvq.ent.gz | 52 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3cvq_validation.pdf.gz | 453.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3cvq_full_validation.pdf.gz | 456.9 KB | Display | |
Data in XML | 3cvq_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3cvq_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3cv0C 3cvlC 3cvnC 3cvpC 1fchS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE BIOLOGICAL UNIT OF PROTEIN PEX5 IS MONOMER |
-Components
#1: Protein | Mass: 36543.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Binding domain,UNP residues 332-655 / Mutation: M411A/K415A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Gene: PEX5 / Plasmid details: Derivative pET28 / Plasmid: pSKB3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9U7C3, UniProt: Q57W55*PLUS |
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#2: Protein/peptide | Mass: 934.051 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 4.8 Details: 2.3M Potassium acetate, 0.1M sodium citrate monohydrate, pH 4.8 - 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298KK, pH 4.80 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2006 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 11776 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 96.04 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.0704 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB CODE 1FCH Resolution: 3.01→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 46.621 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS model / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.446 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.01→47.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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