PDB-3bzp: Crystal structural of the mutated N262A EscU C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzp

タイトル

Crystal structural of the mutated N262A EscU C-terminal domain

要素

EscU

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Intein / T3SS / membrane / asparagine cyclization

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzp.cif.gz	36.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzp.ent.gz	24.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzp_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzp_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	3bzp_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	3bzp_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bzt-d 1bnz-d 3bzo-d 2jml-d 2krb-d 1j7q-d 7aqh-1 6jli-d 1p1t-d 2c60-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: EscU

ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: EscU

ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.535, 59.169, 71.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-399- HOH
2	1	A-400- HOH
3	1	A-404- HOH

#1: タンパク質	EscU 分子量: 15410.784 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

EscU

分子量: 15410.784 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: Citrate, PEG 6000, t-Butanol, pH 5.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97956 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97956 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.499→50 Å / Num. all: 19754 / Num. obs: 18747 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.561 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.499-1.55	5.8	0.4	1772	0.483	1	90.4
1.55-1.62	6.8	0.321	1898	0.517	1	98.3
1.62-1.69	7.6	0.24	1949	0.57	1	100
1.69-1.78	7.7	0.172	1952	0.668	1	100
1.78-1.89	7.6	0.117	1952	0.898	1	99.8
1.89-2.04	6.7	0.096	1929	1.622	1	98.1
2.04-2.24	7.3	0.072	1788	2.071	1	91.5
2.24-2.56	7	0.07	1793	3.164	1	89.9
2.56-3.23	7.2	0.052	1994	3.259	1	100
3.23-50	6.5	0.035	1720	2.545	1	81.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.499→45.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.62 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	962	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
all	0.19456	19754	-	-
obs	0.19456	18744	94.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	790	0	0	69	859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	2.005	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.092	3	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.628	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.25	25.625	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.672	15	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.264	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.336	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.295	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.215	1.5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.226	1.5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.242	2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.356	3	395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.056	4.5	285

LS精密化シェル

解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	59	-
R_work	0.274	1219	-
all	-	1278	-
obs	-	-	88.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2322	-0.7837	0.2247	7.8469	-2.7645	0.9763	0.1055	0.0538	0.1377	-0.215	-0.1844	-0.0632	0.0916	0.0434	0.0789	0.0842	-0.0136	0.0358	0.0707	0.0236	0.094	-14.9476	-16.9441	-15.2818
2	2.1206	0.2939	0.7325	9.7612	1.0231	3.531	0.0795	0.1811	0.0732	-0.1919	-0.2497	0.0314	0.0292	0.2668	0.1702	0.0775	-0.0104	0.0151	0.116	0.0211	0.0855	-13.0352	-24.285	-14.8914
3	1.6006	-1.3283	0.6326	6.0041	-3.3711	3.272	-0.0011	0.0864	0.1638	0.7375	-0.0562	-0.016	-0.5451	0.1546	0.0573	0.1592	-0.0621	0.0104	0.0559	0.0104	0.0423	-14.8929	-15.0827	-8.4592
4	1.7336	0.0367	-0.8766	7.7225	-0.3064	3.9132	0.0918	0.1073	0.0524	0.1305	-0.2164	-0.65	0.1032	0.4884	0.1245	0.0294	-0.0036	0.0075	0.1257	0.0314	0.0955	-7.3411	-29.7053	-10.5213
5	12.1149	-8.7004	2.3497	11.4897	-4.3563	1.9893	-0.1149	-0.3528	0.0036	0.298	0.2725	0.6549	0.0912	-0.19	-0.1576	0.0718	-0.0283	0.052	0.0396	-0.0441	0.1504	-21.4024	-29.8778	-7.7002
6	21.7575	-0.0621	8.9027	5.2431	-1.0817	7.8463	-0.513	1.8344	0.259	-0.6284	0.209	-1.0981	-0.2864	0.6002	0.304	0.1472	-0.1214	0.0195	0.0848	0.0323	0.1794	-32.7853	-23.5187	-14.8863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	246 - 263	38 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	264 - 287	56 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	288 - 312	80 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	313 - 330	105 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	331 - 340	123 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	341 - 345	133 - 137

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)