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- PDB-7aqh: Cell wall binding domain of the Staphylococcal phage 2638A endolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqh
タイトルCell wall binding domain of the Staphylococcal phage 2638A endolysin
要素ORF007
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage / phage / endolysin / SH3b / cell wall binding domain / staphylococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / metalloendopeptidase activity / defense response to bacterium / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ...Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus phage 2638A (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Dunne, M. / Sobieraj, A. / Ernst, P. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell wall binding domain of the Staphylococcal phage 2638A endolysin
著者: Dunne, M. / Sobieraj, A. / Ernst, P. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ORF007
D: ORF007
C: ORF007
G: ORF007
H: ORF007
B: ORF007
E: ORF007
F: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,37610
ポリマ－87,9008
非ポリマー4772
水3,315184
1
A: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2262
ポリマ－10,9871
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2262
ポリマ－10,9871
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
B: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
E: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
F: ORF007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9871
ポリマ－10,9871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.130, 62.510, 66.171
Angle α, β, γ (deg.)111.010, 108.387, 90.184
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 393 - 485 / Label seq-ID: 2 - 94

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BF
33chain 'C'CC
44chain 'D'DB
55chain 'E'EG
66chain 'F'FH
77chain 'G'GD
88chain 'H'HE

-
要素

#1: タンパク質
ORF007


分子量: 10987.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage 2638A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4ZD58
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.4 Crystallization buffer: 1% (W/V) tryptone, 0.05 M HEPES, pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→44.11 Å / Num. obs: 51577 / % possible obs: 90.91 % / 冗長度: 2.06 % / Biso Wilson estimate: 51.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 4.31
反射 シェル解像度: 2.488→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 2454 / CC1/2: 0.486 / CC star: 0.809 / Rpim(I) all: 0.598 / Rrim(I) all: 0.907 / % possible all: 79.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.15.2精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LEO

5leo


解像度: 2.49→44.11 Å / SU ML: 0.4546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 36.2138
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 2586 5.01 %
Rwork0.2498 48991 -
obs0.2517 27918 84.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6088 0 30 184 6302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46928608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00241056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.89213526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.540.36591130.37452211X-RAY DIFFRACTION68.03
2.54-2.590.39411200.38542243X-RAY DIFFRACTION68.41
2.59-2.640.40661430.36522579X-RAY DIFFRACTION81.4
2.64-2.710.38511430.33612767X-RAY DIFFRACTION84.49
2.71-2.770.32641480.34412759X-RAY DIFFRACTION86.01
2.77-2.850.35051420.31872810X-RAY DIFFRACTION86.42
2.85-2.930.3181510.31772825X-RAY DIFFRACTION87.32
2.93-3.030.33181450.31352778X-RAY DIFFRACTION85.27
3.03-3.130.42291460.30242789X-RAY DIFFRACTION85.82
3.13-3.260.29331420.26822788X-RAY DIFFRACTION85.82
3.26-3.410.36241450.25982728X-RAY DIFFRACTION84.6
3.41-3.590.2971380.25232626X-RAY DIFFRACTION82.26
3.59-3.810.27941320.23472448X-RAY DIFFRACTION75.31
3.81-4.110.25141580.2113002X-RAY DIFFRACTION92.29
4.11-4.520.23591610.19532982X-RAY DIFFRACTION92.55
4.52-5.170.2241600.19482996X-RAY DIFFRACTION91.21
5.17-6.510.26711520.23582828X-RAY DIFFRACTION88.8
6.51-44.110.24581470.23082832X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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