[日本語] English
万見
- PDB-1p1t: NMR Structure of the N-terminal RRM domain of Cleavage stimulatio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p1t
タイトルNMR Structure of the N-terminal RRM domain of Cleavage stimulation factor 64 KDa subunit
要素Cleavage stimulation factor, 64 kDa subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA RECOGNITION MOTIF / C-TERMINAL HELIX / N-TERMINAL HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage body / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear body ...cleavage body / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear body / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage stimulation factor subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Perez-Canadillas, J.M. / Varani, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Recognition of GU-rich polyadenylation regulatory elements by human CstF-64 protein
著者: Perez-Canadillas, J.M. / Varani, G.
履歴
登録2003年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cleavage stimulation factor, 64 kDa subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5451
ポリマ－11,5451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 Cleavage stimulation factor, 64 kDa subunit / CSTF 64 kDa subunit / CF-1 64 kDa subunit


分子量: 11544.839 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal RRM of CstF-64 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTF2 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P33240

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
14115N-HSQC
15213C-HSQC
162HNCA
172HNCO
182CBCA(CO)NH
192(H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resoncance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM CstF U-15N, 20mM phosphate buffer93% H2O/7% D2O
21mM CstF U-15N,13C, 20mM phosphate buffer93% H2O/7% D2O
31mM CstF , 20mM phosphate buffer100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2001Delaglio, Grzesiek, Vuister, Pfeifer, Bax解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, Herrmann構造決定
TALOS2001Cornilescu, Delaglio, Baxデータ解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, Herrmann精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1486 NOE-derived distance contraints and 115 dihedral angle restrains for phi and psi backbone angles obtained from the analysis of the 13C chemical shifts.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る