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- PDB-3brp: Crystal Structure of C-Phycocyanin from Galdieria sulphuraria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brp
タイトルCrystal Structure of C-Phycocyanin from Galdieria sulphuraria
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYSTEM II / LIGHT HARVESTING PROTEINS / RED ALGAE / THERMOSTABILITY / Bile pigment / Chloroplast / Chromophore / Electron transport / Membrane / Phycobilisome / Plastid / Thylakoid / Transport / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / C-phycocyanin alpha chain / C-phycocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fromme, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of C-Phycocyanin from Galdieria sulphuraria at 1.85 A
著者: Fromme, R. / Thangaraj, B. / Vanselow, C. / Fromme, P.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5235
ポリマ－35,7752
非ポリマー1,7483
水6,125340
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,13930
ポリマ－214,65212
非ポリマー10,48818
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area60360 Å2
手法PISA
2
A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,57015
ポリマ－107,3266
非ポリマー5,2449
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.818, 102.818, 172.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

21A-607-

HOH

詳細THE DODECAMER IN REMARK 350 REPRESENTS A HEXAMER OF HETERODIMER

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17520.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: P00306
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18254.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: P00311
#3: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA


分子量: 582.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE CONFLICTS WITH UNP DATABASE ARE DUE TO DIFFERENT SPECIES. THE SEQUENCE IN ...AUTHOR STATES THAT THE CONFLICTS WITH UNP DATABASE ARE DUE TO DIFFERENT SPECIES. THE SEQUENCE IN UNP ENTRIES ARE ACTURALLY FROM CYANIDIUM CALDARIUM, NOT FROM GALDIERIA SULPHURARIA. REFERENCE: JOURNAL OF PHYCOLOGY 27 (6): 794-796 DEC 1991

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 9.5% PEG 2000,0.1M HEPES, 0.1M MGCl2, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 30304 / Num. obs: 30145 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.516 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
WARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KTP

1ktp


解像度: 1.85→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.247 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23127 1521 5.1 %RANDOM
Rwork0.18205 ---
obs0.18466 28415 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.185 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å2-1.02 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3---3.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2464 0 129 357 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2982.0183591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8515327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52724.182110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09115399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9541519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2830.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3210.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.51671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3322590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65531173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0134.51001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 111 -
Rwork0.222 1984 -
obs--96.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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