PDB-2y9r: Crystal structure of the M10 domain of Titin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y9r

タイトル

Crystal structure of the M10 domain of Titin

要素

TITIN

キーワード

TRANSFERASE / SARCOMERE / M-BAND / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Titin M10 Domain
著者: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2011年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Other / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y9r.cif.gz	57 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y9r.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y9r_validation.pdf.gz	818.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y9r_full_validation.pdf.gz	819.6 KB	表示
XML形式データ	2y9r_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	2y9r_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wp3S 1bpv 1g1c 1nct 1ncu 1tit 1tiu 1tki 1tnm 1tnn 1waa 1ya5 2a38 2bk8 2f8v 2j8h 2j8o 2wwk 2wwm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rrq-d 2gyt-d 1bik-d 3gdz-1 1i9e-d 2luq-d 2mr8-d 2haz-d 2khx-d 5b42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (11) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

T: TITIN

ヘテロ分子

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.450, 43.450, 56.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	T-2007- HOH
2	1	T-2009- HOH
3	1	T-2028- HOH

#1: タンパク質	TITIN / CONNECTIN / RHABDOMYOSARCOMA ANTIGEN MU-RMS-40.14 分子量: 10981.231 Da / 分子数: 1 / 断片: M10 DOMAIN, RESIDUES 26828-26926 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 % / 解説: CHAIN T OF 2WP3 WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 35% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9704
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9704 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34.42 Å / Num. obs: 8350 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0101	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WP3

2wp3

解像度: 1.9→34.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.802 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS AT RIDING POSITIONS HAVE BEEN USED IN REFINEMENT. N-TERMINAL GLY-SER-SER RESIDUES FROM THE VECTOR AND C-TERMINAL ILE ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24108	406	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19361	-	-	-
obs	0.19592	7929	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	745	0	25	44	814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.98	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.513	5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.806	25.152	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.93	15	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.323	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	34	-
R_work	0.26	559	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0088	-11.9449	-3.3899	16.054	5.5824	7.3443	-0.0465	0.2694	-0.4158	0.2258	-0.4689	0.6034	0.6828	-0.5304	0.5154	0.1565	-0.1212	0.0184	0.1031	-0.0167	0.0473	-3.8766	-24.4502	-7.2126
2	3.0456	-0.0021	0.8523	6.1011	4.0959	3.248	0.4948	0.6484	0.169	-0.185	-0.2602	-0.8459	0.0374	-0.1387	-0.2346	0.1331	0.0706	0.0601	0.2319	-0.0531	0.4122	-1.0805	-10.0428	2.353
3	10.1655	-18.206	2.0121	47.516	2.9997	6.5837	0.3367	-0.4639	0.2329	0.441	-0.3163	-0.2204	-0.3903	-0.255	-0.0204	0.3389	-0.1921	0.0642	0.1479	-0.0466	0.0391	-4.2425	5.1913	8.6937
4	1.911	-2.8185	1.145	29.6731	5.7782	5.447	0.0097	0.242	0.1813	0.056	0.2302	-0.598	0.042	0.3017	-0.2399	0.0331	-0.0251	0.0371	0.0818	-0.0086	0.0956	-5.4696	5.6189	1.4535
5	4.8488	5.6087	1.7316	32.2616	2.504	0.6472	-0.1469	-0.0989	0.0062	-0.6849	0.2114	-1.0201	-0.0986	-0.0021	-0.0645	0.1166	-0.0464	0.0916	0.0648	-0.0649	0.1269	-3.3261	-14.7464	-6.9217
6	6.4704	-12.5452	-10.9254	24.359	21.5318	22.0586	0.1327	0.2023	-0.4183	-0.2347	-0.4304	0.7709	0.1607	-0.6991	0.2977	0.1307	-0.0007	-0.0598	0.0734	0.0122	0.0814	-10.8445	-15.5762	-7.862
7	21.0039	3.6565	-2.5787	10.4883	-3.1217	10.3615	0.2345	-0.6022	0.3216	0.391	-0.0972	0.7712	-0.1485	-0.7771	-0.1373	0.0506	0.012	-0.0002	0.102	-0.0306	0.0822	-17.5456	-6.5017	3.0348
8	5.4059	-1.1541	-2.4756	9.0984	1.7109	1.2925	-0.1966	0.7207	0.2967	-0.5907	0.3005	0.368	-0.0033	-0.2621	-0.1039	0.1141	-0.018	-0.0419	0.2002	-0.0226	0.1676	-18.3765	-0.4355	-4.8696
9	2.3354	-2.3715	0.0113	9.7774	3.2107	4.4875	0.2063	0.3035	0.2975	-0.2806	-0.0225	0.1174	-0.3076	-0.3797	-0.1837	0.0812	0.0589	0.0537	0.167	0.0846	0.1387	-15.82	4.641	-3.4754
10	6.4579	-1.9865	-3.8584	7.6459	6.6767	13.1936	0.1593	0.2128	0.291	-0.4495	-0.0808	-0.5067	-0.2147	-0.0093	-0.0785	0.0993	0.0001	0.0664	0.1056	0.0073	0.0753	-6.059	-6.6456	-9.2012
11	5.7218	0.3152	-2.2954	25.9676	11.3928	15.0608	-0.0449	0.5361	0.5496	-0.7495	0.1049	0.0575	-0.4271	-0.1672	-0.06	0.0251	-0.0071	-0.0038	0.0948	0.0295	0.071	-10.568	5.0206	-0.9883
12	11.0274	-4.3304	-3.7353	16.5306	3.5475	16.8088	0.4558	0.1393	0.6561	0.0335	-0.2352	0.8484	-0.5683	-0.7913	-0.2206	0.0562	0.0053	0.0608	0.0599	-0.0143	0.1353	-13.7146	7.581	8.5667
13	0.8684	-2.8584	-2.4716	9.7892	8.4623	7.324	0.0291	-0.0273	0.0456	0.2044	0.0993	-0.1816	0.1794	0.0597	-0.1283	0.1848	-0.0098	-0.0125	0.0321	-0.0342	0.0396	-10.9943	-9.5845	2.849
14	6.8726	8.48	4.4151	28.9926	28.7127	32.088	-0.2746	0.1465	-0.1631	0.0806	-0.3048	0.3889	0.3536	-0.5397	0.5793	0.086	0.0033	-0.0093	0.0367	0.0059	0.1142	-9.5801	-21.2302	-2.9923
15	3.1184	-1.7992	2.4817	18.3863	4.6839	5.2963	0.1237	-0.1602	0.3178	0.9315	0.0041	-1.0411	-0.0315	0.1496	-0.1278	0.2606	-0.1387	-0.0036	0.0916	-0.0333	0.0805	-6.0636	2.2604	10.9832

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	T	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	T	7 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	T	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	T	19 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	T	26 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	T	32 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	T	38 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	T	45 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	T	50 - 55
10	X-RAY DIFFRACTION	10	T	56 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	T	64 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	12	T	69 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	13	T	74 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	14	T	84 - 90
15	X-RAY DIFFRACTION	15	T	91 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)