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- PDB-2haz: Crystal structure of the first fibronectin domain of human NCAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2haz
タイトルCrystal structure of the first fibronectin domain of human NCAM1
要素Neural cell adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / fibronectin type III repeat / FN1 / NCAM / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / : / neuron projection / cell adhesion / Golgi membrane / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1 / Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sekulic, N. / Lavie, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: A novel alpha-helix in the first fibronectin type III repeat of the neural cell adhesion molecule is critical for N-glycan polysialylation.
著者: Mendiratta, S.S. / Sekulic, N. / Hernandez-Guzman, F.G. / Close, B.E. / Lavie, A. / Colley, K.J.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3892
ポリマ－11,3661
非ポリマー231
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.760, 53.880, 74.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

HOH

21A-77-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Neural cell adhesion molecule 1 / N-CAM 1


分子量: 11365.625 Da / 分子数: 1 / 断片: first fibronectin type III repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAM1 / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21-DE3 / 参照: UniProt: P13592, UniProt: P13591*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.3 M Calcium chloride, 17% PEG 3350, 10% PEG 400 (the latter only in the drop), pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→30 Å / Num. all: 9851 / Num. obs: 9851 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.195 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.88
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 9770 / Num. unique all: 1500 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1UEM

1uem


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 3.705 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 941 9.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.219 9694 --
obs-9694 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数793 0 1 97 891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9551109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9785103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.4325.45533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3615128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.776152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.271
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3050.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3450.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6521.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1892836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9573312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3064.5273
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 68 -
Rwork0.298 640 -
obs-708 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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