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- PDB-1iv7: Crystal Structure of Single Chain Monellin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iv7
タイトルCrystal Structure of Single Chain Monellin
要素Monellin
キーワードPLANT PROTEIN / ALPHA+BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Tamada, T. / Kato, Y. / Kuroki, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Effect of Single Chain Derivatization on the Structure and Stability of the Monellin
著者: Kato, Y. / Tamada, T. / Sone, H. / Iijima, H. / Kuroki, R.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monellin
B: Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5762
ポリマ－22,5762
非ポリマー00
水1,910106
1
A: Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2881
ポリマ－11,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2881
ポリマ－11,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.650, 36.260, 46.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.10, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Monellin


分子量: 11287.853 Da / 分子数: 2 / 変異: E49N, N50E, E149N, N150E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion protein concerning chain A comprise residues 1-50 (MONELLIN, CHAIN B) and 52-96 (MONELLIN, CHAIN A), Including glysine linker. fusion protein concerning chain B comprise residues 101- ...詳細: fusion protein concerning chain A comprise residues 1-50 (MONELLIN, CHAIN B) and 52-96 (MONELLIN, CHAIN A), Including glysine linker. fusion protein concerning chain B comprise residues 101-150 (MONELLIN, CHAIN B) and 152-196 (MONELLIN, CHAIN A), Including glysine linker.
由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / プラスミド: pST6311 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.2
詳細: PEG8000, potassium phosphate, pH 7.2, micro batch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月19日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60 Å / Num. all: 18113 / Num. obs: 17026 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MOL

1mol


解像度: 1.82→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.762 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24084 870 5.1 %RANDOM
Rwork0.19983 ---
obs0.20202 16119 93.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20.54 Å2
2--0.35 Å2-
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 0 106 1702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2321.9672200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9553190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.05615314
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.3613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.5164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4931.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67521540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6253682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4144.5660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.824→1.871 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 59
Rwork0.349 1044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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