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万見
- PDB-6ngg: Crystal structure of human CD160 V58M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ngg
タイトルCrystal structure of human CD160 V58M mutant
要素CD160 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD160 / HVEM / BTLA / gD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of adaptive immune memory response / MHC class I protein complex binding / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / mucosal immune response / MHC class I receptor activity ...positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of adaptive immune memory response / MHC class I protein complex binding / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / mucosal immune response / MHC class I receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / side of membrane / T cell costimulation / negative regulation of angiogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / kinase binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / signaling receptor binding / innate immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD160 ANTIGEN / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Liu, W. / Bonanno, J. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10 OD020068 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of CD160:HVEM Recognition.
著者: Liu, W. / Garrett, S.C. / Fedorov, E.V. / Ramagopal, U.A. / Garforth, S.J. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD160 antigen
B: CD160 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4202
ポリマ－26,4202
非ポリマー00
水73941
1
A: CD160 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2101
ポリマ－13,2101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CD160 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2101
ポリマ－13,2101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.662, 54.060, 92.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD160 antigen / Natural killer cell receptor BY55


分子量: 13210.090 Da / 分子数: 2 / 変異: V58M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD160, BY55
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1GAP_S (その他)
参照: UniProt: O95971
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium Formate, 0.1 M Tris, pH8.5 and 30% (W/V) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 17092 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.433 / Num. unique obs: 1576

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.179 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26974 854 5 %RANDOM
Rwork0.21714 ---
obs0.21974 16088 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å2-0 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 0 41 1736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0061.9522315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0533799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2195212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54823.52171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7115318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6041511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3862.15866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3252.149865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4023.191072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.43.1931073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2972.624858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2952.63859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1233.7661244
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.46716.8991714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.47316.8781705
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 70 -
Rwork0.214 1102 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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