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- PDB-2xcr: The 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcr
タイトルThe 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase complexed with GSK299423 and DNA
要素
  • 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
  • DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : ...Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RXV / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. ...Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Type Iia Topoisomerase Inhibition by a New Class of Antibacterial Agents.
著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / ...著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Saunders, M.R. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
履歴
登録2010年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
D: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
E: 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
F: 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
S: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
U: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
V: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
W: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,71110
ポリマ－353,7878
非ポリマー9232
水00
1
B: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
D: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
E: 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
F: 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,3195
ポリマ－176,8584
非ポリマー4621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15540 Å2
ΔGint-68.8 kcal/mol
Surface area65870 Å2
手法PISA
2
S: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
U: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
V: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
W: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,3915
ポリマ－176,9304
非ポリマー4621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15490 Å2
ΔGint-66.3 kcal/mol
Surface area64180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.260, 165.381, 308.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A


分子量: 82328.898 Da / 分子数: 4
断片: C-TERMINAL 27KDA DOMAIN, RESIDUES 410-644, N-TERMINAL 56KDA DOMAIN, RESIDUES 2-491
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINUS GYRB (B644) FUSED TO N-TERMINUS GYRA (A2)
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖 5'-D(*5UA*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'


分子量: 6099.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP *GP*CP*TP)-3'


分子量: 6135.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-RXV / 6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE / GSK-299423


分子量: 461.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N5O2S / コメント: 抗生剤*YM
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 123 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN S, TYR 123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN U, TYR 123 TO PHE
非ポリマーの詳細ACETYLATED ADENOSINE : IN HIGHER RESOLUTION 2.1A STRUCTURE WAS EXTRA DENSITY ON ONE END OF DNA, ...ACETYLATED ADENOSINE : IN HIGHER RESOLUTION 2.1A STRUCTURE WAS EXTRA DENSITY ON ONE END OF DNA, MODELLED AS ACETYLATED ADENOSINE.
配列の詳細THIS IS A FUSION TRUNCATE IN WHICH THE C-TERMINAL RESIDUE OF GYRB (F644) IS FUSED TO THE N-TERMINAL ...THIS IS A FUSION TRUNCATE IN WHICH THE C-TERMINAL RESIDUE OF GYRB (F644) IS FUSED TO THE N-TERMINAL RESIDUE OF GYRA (A2). CATALYTIC TYROSINE (123) HAS BEEN MUTATED TO PHENYLALANINE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1M NACL, 0.1M SOODIUM CITRATE PH 5.6, 12% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: NONE
反射解像度: 3.5→24 Å / Num. obs: 62197 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 76.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 53.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→23.987 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 2504 4.03 %
Rwork0.2082 --
obs0.2102 62197 84.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.467 Å2 / ksol: 0.246 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-68.3586 Å2-0 Å2-0 Å2
2---25.1122 Å2-0 Å2
3----44.0166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→23.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22764 1599 66 0 24429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00425033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90634103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6579679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.56710.28930.28851989X-RAY DIFFRACTION49
3.5671-3.63970.34451640.29071993X-RAY DIFFRACTION53
3.6397-3.71850.31131670.28012262X-RAY DIFFRACTION61
3.7185-3.8047000.27132699X-RAY DIFFRACTION67
3.8047-3.89950.33211670.26182665X-RAY DIFFRACTION70
3.8995-4.00440.31631670.24432846X-RAY DIFFRACTION74
4.0044-4.1217000.23173201X-RAY DIFFRACTION79
4.1217-4.2540.27481670.23563525X-RAY DIFFRACTION91
4.254-4.40520.26371670.22163766X-RAY DIFFRACTION97
4.4052-4.58040.26061670.19883841X-RAY DIFFRACTION99
4.5804-4.78730.23311670.18273865X-RAY DIFFRACTION99
4.7873-5.03750.24331670.17483862X-RAY DIFFRACTION98
5.0375-5.34980.24581670.18093823X-RAY DIFFRACTION98
5.3498-5.75760.24231670.18773842X-RAY DIFFRACTION98
5.7576-6.32730.25331670.19473850X-RAY DIFFRACTION97
6.3273-7.2210.25971670.18183837X-RAY DIFFRACTION97
7.221-9.01660.19881670.15673863X-RAY DIFFRACTION96
9.0166-23.9880.18531660.15853964X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36270.15290.22681.357-0.16171.56480.1005-0.1812-0.2970.0151-0.06420.25120.53270.252801.2793-0.07050.02660.8060.08581.072525.8791-18.55657.0204
20.3962-0.052400.24790.48790.6860.02590.2218-0.11860.8131-0.08060.1275-0.07150.05710.02820.6953-0.04730.03070.99640.07280.540445.9596-0.492332.5952
30.02410.00810.22690.0680.06090.23530.1346-0.263-0.0727-0.0829-0.16290.6082-0.0624-0.3787-0.00891.3631-0.18670.18560.8490.04931.203717.48293.342735.0952
40.181-0.00980.07090.0255-0.0498-0.03660.3282-0.1318-0.03170.53880.02670.3493-0.2647-0.9269-0.00051.3130.08940.38121.63520.20542.107-23.74223.829515.4013
500.18320.43580.14980.0620.18330.5371-0.6447-0.19540.0182-0.25230.08650.2147-0.3458-0.00541.23180.10470.06810.91290.27530.863233.8675-16.725138.9438
61.4592-0.4601-0.09191.0055-0.6471.052-0.0133-0.22940.28340.328-0.1451-0.015-0.78320.30150.00020.8904-0.17860.11030.85-0.02820.957431.954528.15069.2264
70.60850.15850.31251.1258-0.10260.5178-0.23930.1721-0.0738-0.3358-0.0783-0.02970.13410.4259-0.41080.54780.1840.10710.891600.630844.2682-3.6542-16.9896
80.0673-0.14410.0140.0295-0.00680.16150.09470.09570.0599-0.34940.53260.85440.0319-0.4280.00051.06930.06790.08340.94510.14991.342816.64344.84-18.6254
90.2430.0388-0.06860.0384-0.11910.0672-0.1294-0.0664-0.7051-0.70370.72080.2638-0.5725-0.8419-0.00081.11460.19-0.00181.70520.32391.8327-20.281920.69413.0912
10-0.036-0.1-0.14270.39030.06870.13950.27110.17750.0972-0.667-0.6123-0.069-0.08540.4903-0.00641.0502-0.13070.1491.0110.05090.956139.387715.9826-23.4951
110.6838-0.2801-0.18940.7450.37671.5243-0.03570.1044-0.0486-0.09490.0412-0.0817-0.71930.6291-00.8232-0.17260.04951.159601.045449.1604-3.79284.4167
120.7803-0.27430.09790.1563-0.50840.5102-0.1788-0.20070.1391-0.4249-0.0421-0.0344-0.86530.09210.00041.4429-0.0433-0.11421.0512-0.06950.925329.989515.2991110.0784
130.1031-0.18660.2156-0.0012-0.0290.25340.2477-0.2315-0.7753-0.3808-0.00830.7792-0.5819-0.91280.05430.28050.087-0.05150.8271-0.0670.996726.1666-12.859111.3652
140.21440.04930.16320.0935-0.0433-0.00970.0772-0.5059-1.024-0.31840.1118-0.48171.1929-0.1457-0.00011.4098-0.10870.08330.95890.07361.321125.5052-52.619890.6504
15-0.0976-0.1468-0.047-0.08720.27290.0993-0.5537-0.07320.23440.74590.1978-0.1528-0.9880.8233-0.00021.14-0.3642-0.04691.23040.15131.049646.5274.0556116.5049
160.7890.43480.27870.64890.1960.71680.0001-0.07380.0702-0.2669-0.12670.2088-0.5293-0.6434-0.48910.71530.4822-0.1090.92830.02170.74632.10762.770485.3947
170.7505-0.22450.45340.2017-0.13270.4654-0.09420.10160.17070.1729-0.1058-0.0988-1.24890.17420.01081.7829-0.16370.0670.70870.09870.541334.835315.834560.7184
180.04020.0651-0.0625-0.0060.02930.0275-0.03280.537-0.4835-0.0161-0.19280.0534-0.26730.2885-0.00011.8561-0.0549-0.10170.93920.07840.976726.5494-11.302557.5843
190.23550.14780.2220.2175-0.12750.25760.3785-0.1573-0.102-0.1782-0.0329-0.2480.5424-0.2562-0.00041.1446-0.279-0.1610.9211-0.07141.3768.9699-48.999978.012
202.60790.7113-0.6687-0.0306-0.5062-0.0409-0.37180.5314-0.3947-0.5375-0.00780.4652-0.9462-0.3514-0.0841.72110.4057-0.29160.88070.13490.951215.236411.77553.5566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((CHAIN B AND (RESID 1028:1374 OR RESID 1451:1491)) OR (CHAIN E) OR (CHAIN F) OR (CHAIN E AND (RESID 1021:1021)))
2X-RAY DIFFRACTION2((CHAIN B AND (RESID 417:544 OR RESID 580:608)))
3X-RAY DIFFRACTION3((CHAIN B AND (RESID 545:579)))
4X-RAY DIFFRACTION4((CHAIN B AND (RESID 1375:1450)))
5X-RAY DIFFRACTION5((CHAIN B AND (RESID 1002:1027)) OR (CHAIN B AND (RESID 609:644)))
6X-RAY DIFFRACTION6((CHAIN D AND (RESID 1028:1374 OR RESID 1451:1491)))
7X-RAY DIFFRACTION7((CHAIN D AND (RESID 416:544 OR RESID 580:608)))
8X-RAY DIFFRACTION8((CHAIN D AND (RESID 545:579)))
9X-RAY DIFFRACTION9((CHAIN D AND (RESID 1375:1450)))
10X-RAY DIFFRACTION10((CHAIN D AND (RESID 1002:1027)) OR (CHAIN D AND (RESID 609:644)))
11X-RAY DIFFRACTION11((CHAIN S AND (RESID 1028:1374 OR RESID 1451:1490)) OR (CHAIN V) OR (CHAIN W) OR (CHAIN W AND (RESID 1020:1020)))
12X-RAY DIFFRACTION12((CHAIN S AND (RESID 416:544 OR RESID 580:608)))
13X-RAY DIFFRACTION13((CHAIN S AND (RESID 545:579)))
14X-RAY DIFFRACTION14((CHAIN S AND (RESID 1375:1450)))
15X-RAY DIFFRACTION15((CHAIN S AND (RESID 1002:1027)) OR (CHAIN S AND (RESID 609:640)))
16X-RAY DIFFRACTION16((CHAIN U AND (RESID 1028:1374 OR RESID 1451:1490)))
17X-RAY DIFFRACTION17((CHAIN U AND (RESID 417:544 OR RESID 580:608)))
18X-RAY DIFFRACTION18((CHAIN U AND (RESID 545:579)))
19X-RAY DIFFRACTION19((CHAIN U AND (RESID 1375:1450)))
20X-RAY DIFFRACTION20((CHAIN U AND (RESID 1002:1027)) OR (CHAIN U AND (RESID 609:644)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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