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万見
- PDB-2x6c: Potassium Channel from Magnetospirillum Magnetotacticum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x6c
タイトルPotassium Channel from Magnetospirillum Magnetotacticum
要素ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
キーワードMETAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOCHOLINE / SAMARIUM (III) ION / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2010年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,93817
ポリマ－33,7261
非ポリマー1,21216
水86548
1
A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
ヘテロ分子

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
ヘテロ分子

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
ヘテロ分子

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,75168
ポリマ－134,9034
非ポリマー4,84864
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area21040 Å2
ΔGint-239.3 kcal/mol
Surface area48200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.518, 106.518, 88.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1305-

K

21A-1306-

K

31A-1307-

K

41A-1308-

K

51A-1309-

K

61A-1310-

K

71A-1311-

K

81A-1312-

K

91A-1313-

K

101A-1314-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10 / KIRBAC3.1


分子量: 33725.715 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 26-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS-TAG
由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: D9N164*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#3: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625 C-TERMINAL HIS-TAG IN PRESENT ENTRY. ...RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625 C-TERMINAL HIS-TAG IN PRESENT ENTRY. Q170 HAS BEEN MUTATED TO ALANINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: AS PER WWPDB ENTRY 2X6A, EXCEPT THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 2MM SMAC (FINAL CONCENTRATION IN THE DROP) FOR 16HRS PRIOR TO DATA COLLECTION., pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953694
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953694 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14682 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 64.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WLH

2wlh


解像度: 2.7→41.983 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANOMALOUS DIFFERENCE MAP WAS USED TO GUIDE THE PLACEMENT OF SAMARIUM IONS. THE INDIVIDUAL FRIEDELS (I+ AND I-) WERE USED AS INDEPENDENT REFLECTIONS DURING REFINEMENT BY PHENIX
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1356 5 %
Rwork0.2187 --
obs0.2208 14682 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.245 Å2 / ksol: 0.274 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3208 Å20 Å20 Å2
2--1.3208 Å20 Å2
3----2.6417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2037 0 26 48 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.252865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2961241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.696-2.79240.34321700.30192552X-RAY DIFFRACTION100
2.7924-2.90410.30521660.27362527X-RAY DIFFRACTION100
2.9041-3.03630.30591190.24632568X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.19630.30421640.22392539X-RAY DIFFRACTION100
3.1963-3.39650.27191190.20642575X-RAY DIFFRACTION100
3.3965-3.65860.25891120.19542583X-RAY DIFFRACTION100
3.6586-4.02650.20951370.18772553X-RAY DIFFRACTION100
4.0265-4.60850.21721250.16662579X-RAY DIFFRACTION100
4.6085-5.80380.22571290.19122574X-RAY DIFFRACTION100
5.8038-41.98840.23841150.24042567X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7899-0.50640.08851.3934-0.42560.1358-0.1451-0.0632-0.09330.27860.9641-0.2341-1.55411.4205-0.52452.249-0.2661-0.05580.8734-0.12690.56322.0306-39.6311-36.4074
20.5525-0.48910.79220.9832-1.39251.946-0.131-0.3102-0.1560.55710.0986-0.1766-0.92412.55060.19640.5466-0.08250.02510.8678-0.15570.16056.7982-51.2912-54.0122
31.6746-0.2136-1.32212.1071-0.30682.55530.06030.02080.175-0.0632-0.10190.0518-0.03590.00440.00780.12710.0535-0.02590.161-0.00040.202320.179-62.5054-86.2816
40.7301-0.12080.05050.29471.1765.20480.11160.11760.8033-0.18260.35640.4648-2.680.3491-1.16561.5402-0.20110.75450.57540.25041.147827.611-39.9142-94.2948
53.9678-0.7379-0.53840.1535-0.00755.4849-0.7239-0.4091-2.5514-0.9546-0.1467-0.14452.5568-0.15720.91941.26590.09460.37720.550.18881.29116.3588-87.229-78.8206
66.34765.1023-0.76789.2058-2.94161.8597-0.25670.669-0.88130.4853-0.1341-1.4294-0.2296-0.20490.36990.2542-0.0822-0.02310.3436-0.0120.383727.4057-46.5158-76.8711
73.79310.8098-0.46981.015-2.55977.67181.2697-0.5449-0.02550.6042-0.9629-0.0443-3.0344.6234-0.02981.2643-1.339-0.11842.831-0.18550.473815.2062-45.4523-45.7818
81.99392.5202-5.71654.07060.08744.71271.6318-0.4186-0.091.370.41610.0108-4.00014.4195-1.38431.1845-0.5653-0.06611.4457-0.17350.22247.2008-47.4288-30.207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 111:119
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 120:137
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 138:181 OR RESID 194:275 OR RESID 285:301)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 182:193
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 276:284
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 13:26
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 30:70
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 86:104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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