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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2wlm | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM | ||||||
Components | POTASSIUM CHANNEL | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.61 Å | ||||||
Authors | Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2010Title: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels. Authors: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M. | ||||||
| History |
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| Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2wlm.cif.gz | 451.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2wlm.ent.gz | 379.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2wlm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2wlm_validation.pdf.gz | 458.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2wlm_full_validation.pdf.gz | 507.1 KB | Display | |
| Data in XML | 2wlm_validation.xml.gz | 45.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 2wlm_validation.cif.gz | 59.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlm | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2wlhC ![]() 2wliC ![]() 2wljC ![]() 2wlkC ![]() 2wllC ![]() 2wlnC ![]() 2wloC ![]() 2x6aC ![]() 2x6bC ![]() 2x6cC ![]() 1xl4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
| #1: Protein | Mass: 33782.766 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG APPENDED Source: (gene. exp.) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (bacteria)Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-K / Sequence details | RESIDUES 5-295 CORRESPOND | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.6 Å3/Da / Density % sol: 73 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE ...Details: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE COMBINED IN A 1:1 RATIO AND EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR OF PRECIPITANT IN A SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SET UP. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.956608 |
| Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2008 / Details: MIRRORS |
| Radiation | Monochromator: SILICON CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.956608 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.6→50 Å / Num. obs: 25733 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 81.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12 |
| Reflection shell | Resolution: 3.6→3.73 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 92 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1XL4 Resolution: 3.61→19.971 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.88 / Stereochemistry target values: ML Details: BARIUM IN CRYSTALLISATION CONDITION PRECIPITATED OUT DUE TO PRESENCE OF PHOSPHATE, AND WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.71 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 0 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.61→19.971 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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