+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wlo | ||||||
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Title | POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM | ||||||
Components | POTASSIUM CHANNEL | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / OTHER / Resolution: 4.036 Å | ||||||
Authors | Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2010 Title: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels. Authors: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2wlo.cif.gz | 233.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2wlo.ent.gz | 200.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2wlo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2wlhC 2wliC 2wljC 2wlkC 2wllC 2wlmC 2wlnC 2x6aC 2x6bC 2x6cC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 33782.766 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (bacteria) Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR / References: UniProt: D9N164*PLUS #2: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.36 Å3/Da / Density % sol: 83 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PRECIPITANT: 15 % PEG400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN KIRBAC 3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 20MM TETRABUTYL AMMONIUM BROMIDE 4MM CYMAL-5 0. ...Details: PRECIPITANT: 15 % PEG400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN KIRBAC 3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 20MM TETRABUTYL AMMONIUM BROMIDE 4MM CYMAL-5 0.05% TDM PROTEIN AND PRECIPITANT WERE MIXED TOGETHER IN A 1:1 RATIO, AND EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIR SOLUTION IN A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SET-UP. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.957 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2008 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SILICON CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.957 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4→50 Å / Num. obs: 0 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 136.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Net I/σ(I): 9.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 4.036→14.995 Å / SU ML: -0 / σ(F): 1.47 / Phase error: 25.27 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.749 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.036→14.995 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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