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- PDB-2wlo: POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlo
タイトルPOTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM
要素POTASSIUM CHANNEL
キーワードMETAL TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Potassium channel domain / Ion channel / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 4.036 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年4月17日Group: Source and taxonomy
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL
B: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6835
ポリマ－67,5662
非ポリマー1173
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area28790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.860, 115.360, 289.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1300-

K

21A-1301-

K

31A-1302-

K

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 34:136 )
212CHAIN B AND (RESSEQ 34:136 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1


分子量: 33782.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 83 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PRECIPITANT: 15 % PEG400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN KIRBAC 3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 20MM TETRABUTYL AMMONIUM BROMIDE 4MM CYMAL-5 0. ...詳細: PRECIPITANT: 15 % PEG400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN KIRBAC 3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 20MM TETRABUTYL AMMONIUM BROMIDE 4MM CYMAL-5 0.05% TDM PROTEIN AND PRECIPITANT WERE MIXED TOGETHER IN A 1:1 RATIO, AND EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIR SOLUTION IN A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SET-UP.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.957
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 0 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 136.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Net I/σ(I): 9.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 4.036→14.995 Å / SU ML: -0 / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 663 4.9 %
Rwork0.2447 --
obs0.2453 13507 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.749 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--53.7271 Å20 Å20 Å2
2---57.0285 Å20 Å2
3----51.0876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.036→14.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4336 0 3 0 4339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.026055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1391519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005767
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1138X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1138X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
21A778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.036-4.34060.2851850.3171657X-RAY DIFFRACTION61
4.3406-4.76470.28051360.26932749X-RAY DIFFRACTION100
4.7647-5.42530.25161480.24482771X-RAY DIFFRACTION100
5.4253-6.73090.31061360.26062806X-RAY DIFFRACTION100
6.7309-14.99470.21631580.21252861X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.6781-0.6924-1.27320.7479-0.50580.9955-0.4549-0.6628-1.1686-0.33760.8703-0.5735-0.32050.232201.61110.1732-0.16231.6914-0.01452.0766-44.8535-22.1311-54.2121
2-0.4396-0.1397-0.33521.3539-0.43020.44160.56260.2348-0.18140.4978-0.4185-0.34850.72280.251302.13370.0031-0.09192.09170.16131.5236-42.7943-13.8215-26.8073
30.009-0.1211-0.0189-0.0108-0.0426-0.098-0.18980.9204-1.02411.0192-0.1613-0.9252-0.3571-0.261402.5604-0.1782-0.00982.21930.04571.653-39.3414-9.1421-5.6577
40.04350.35980.15530.1227-0.01-0.24520.4115-0.8431.6027-1.65941.42230.0372.2482-0.398902.2029-0.33330.05052.840.27051.3569-45.6749-9.0727-15.3474
50.2721-0.1973-0.43860.4941-0.7066-0.09320.56120.2950.84880.8484-0.4239-0.0366-0.2134-0.395-02.03260.01140.14212.6685-0.17161.5603-39.5671-0.9398-15.7381
60.03570.2038-0.0201-0.0934-0.02380.2292-0.1284-1.76060.541-0.1274-0.90260.37550.2766-1.0373-01.38850.1441-0.1241.783-0.25221.2565-50.8325-6.8424-39.3887
72.25330.5972-0.18510.20350.96522.25650.08290.2151-0.1390.0548-0.08620.0162-0.0217-0.1490.13791.3915-0.05140.06541.443-0.0251.6617-63.8198-20.0001-70.7496
80.17620.20380.0661-0.13650.12860.04790.25520.8192-0.4369-1.55730.81570.7441.37440.325902.0837-0.11810.42572.0827-0.38052.2668-40.154-25.3241-80.5743
9-0.07350.0458-0.1386-0.1570.151-0.2552-0.64571.5645-0.2627-0.18072.00752.5634-0.7064-0.670102.271-0.18140.76822.6284-0.5543.096-87.2639-18.3312-62.6653
101.2291-0.531-2.2107-0.72992.101-0.0219-0.3702-0.3761-0.1514-0.64880.5273-0.4812-1.04510.075902.2359-0.2675-0.39141.45450.16071.2321-50.55953.5319-48.6307
11-0.2062-0.41870.31010.3224-0.80540.60280.0127-0.0395-0.3952-0.02540.0699-0.0184-1.1189-0.349101.92390.0872-0.29092.0842-0.28181.6522-38.953110.4868-26.8873
120.02390.0079-0.05750.10990.04730.0235-1.8296-1.949-0.04012.0445-1.2087-0.3401-0.69552.082302.7087-0.1049-0.39422.3101-0.05671.7761-43.78214.0443-5.787
130.1369-0.3945-0.24150.3937-0.0698-0.42381.60392.5445-0.67920.92561.34060.61530.75782.814802.62170.5191-0.34012.4139-0.47841.4136-43.80397.672-15.4546
14-0.1359-0.53260.16490.252-0.33130.1222-0.0454-0.44450.1934-0.3626-0.05421.0030.7092-0.393402.2830.1772-0.17971.40740.01691.4646-51.904313.811-15.9302
150.4171-0.34030.8383-0.1703-0.0030.2644-0.8646-0.5091-0.10231.2370.1961-0.51451.1953-0.228801.6429-0.46680.06550.9233-0.27961.1751-45.86222.4308-39.4851
162.4928-2.0238-0.47072.2569-0.12490.47510.2367-0.01070.2327-0.2637-0.0771-0.2714-0.01740.06540.05851.6083-0.0060.13381.5349-0.17761.904-33.6286-11.1592-70.7059
17-0.1208-0.02680.0763-0.0268-0.0669-0.00271.5747-0.6087-0.8391-1.1840.5381-1.2975-1.73651.4971-03.2684-1.08440.63112.7843-0.52053.5235-25.120512.0851-78.9934
18-0.10640.1627-0.0375-0.0210.28450.27440.9206-0.1258-2.3026-2.5553-0.89592.4364-0.90230.249901.76040.29850.28762.0264-0.02432.4175-39.9937-34.2515-63.9169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 12:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 44:71)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 72:81)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 82:100)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 101:120)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 121:137)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299))
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 183:193)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 275:285)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 12:43)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 44:71)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 72:81)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 82:100)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 101:120)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 121:137)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299))
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 183:193)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 275:285)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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