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Yorodumi- PDB-6k94: Crystal structure of the type III effector XopAI from Xanthomonas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k94 | ||||||
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Title | Crystal structure of the type III effector XopAI from Xanthomonas axonopodis pv. citri - a 70 residue N-terminal truncation | ||||||
Components | Type III effector XopAI | ||||||
Keywords | CELL INVASION / type III effectors / peptide-binding domain / mono-ADP-ribosyltransferase fold / Xanthomonas axonopodis pv. citri | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular anatomical entity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas citri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.26 Å | ||||||
Authors | Liu, J.-H. / Li, Y.-P. / Yang, J.-Y. / Hou, M.-H. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2019 Title: Crystal Structure-Based Exploration of Arginine-Containing Peptide Binding in the ADP-Ribosyltransferase Domain of the Type III Effector XopAI Protein. Authors: Liu, J.H. / Yang, J.Y. / Hsu, D.W. / Lai, Y.H. / Li, Y.P. / Tsai, Y.R. / Hou, M.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6k94.cif.gz | 555.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6k94.ent.gz | 448.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6k94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6k94_validation.pdf.gz | 462.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6k94_full_validation.pdf.gz | 468.6 KB | Display | |
Data in XML | 6k94_validation.xml.gz | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6k94_validation.cif.gz | 55.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k94 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6k93C 6klyC 4eln C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28961.355 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: 70 residue N-terminal truncation Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas citri (bacteria) / Strain: XW19 / Gene: XopAI, XAC3230 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIL+ / References: UniProt: Q8PHM1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG400, and 100 mM HEPES-NaOH, pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→31.53 Å / Num. obs: 44030 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.919 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.33 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Num. unique obs: 4034 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.482 / Rrim(I) all: 0.922 / Χ2: 0.8 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4eln 4eln Resolution: 2.26→31.527 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 23.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.26→31.527 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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