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- PDB-3wc0: Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (T... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wc0 | ||||||
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Title | Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) with GTP | ||||||
![]() | Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, A. / Nemoto, T. / Sonoda, T. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of reverse nucleotide polymerization Authors: Nakamura, A. / Nemoto, T. / Heinemann, I.U. / Yamashita, K. / Sonoda, T. / Komoda, K. / Tanaka, I. / Soll, D. / Yao, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 8.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 8.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 149.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 188.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wbzSC ![]() 3wc1C ![]() 3wc2C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: (Selection details: chain 'P' and segid 'P ' RESTRAINED TORSIONS: 21178 Histogram...) |
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Components
#1: Protein | Mass: 32689.248 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GTP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Bis-Tris propan, NaNO3, PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 6, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.03→44.58 Å / Num. obs: 98555 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 3.03→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 96.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WBZ Resolution: 3.03→44.58 Å / SU ML: 0.41 / Phase error: 25.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.03→44.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: POSITIONAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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