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- PDB-2xgj: Structure of Mtr4, a DExH helicase involved in nuclear RNA proces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xgj
タイトルStructure of Mtr4, a DExH helicase involved in nuclear RNA processing and surveillance
要素
  • ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
  • RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / HYDROLASE / TRAMP / EXOSOME / DEAD / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / RNA fragment catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / RNA fragment catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / poly(A) binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA processing / oxidoreductase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #300 / YheA-like fold - #20 / YheA-like fold / Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #300 / YheA-like fold - #20 / YheA-like fold / Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / Prismane-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / ATP-dependent RNA helicase DOB1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Weir, J.R. / Bonneau, F. / Hentschel, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Analysis Reveals the Characteristic Features of Mtr4, a Dexh Helicase Involved in Nuclear RNA Processing and Surveillance.
著者: Weir, J.R. / Bonneau, F. / Hentschel, J. / Conti, E.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
C: RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,4646
ポリマ－233,6094
非ポリマー8542
水1,45981
1
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
C: RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2323
ポリマ－116,8052
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area43930 Å2
手法PISA
2
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
D: RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2323
ポリマ－116,8052
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.110, 126.019, 102.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9412, -0.03596, -0.3359), (0.02998, -0.9993, 0.02298), (-0.3364, 0.01156, 0.9416)16.23, -64.53, 55.2
2given(-0.9467, 0.04752, -0.3186), (-0.01912, -0.9956, -0.09171), (-0.3215, -0.08073, 0.9435)18.42, -62.97, 52.48
3given(-0.9362, -0.009104, -0.3514), (0.02005, -0.9994, -0.02752), (-0.3509, -0.03281, 0.9358)17.57, -63.64, 53.83
4given(-0.9401, -0.04048, -0.3386), (0.03436, -0.9991, 0.02406), (-0.3393, 0.01098, 0.9406)15.93, -64.57, 55.22
5given(-0.9458, -0.03107, -0.3233), (0.03545, -0.9993, -0.007659), (-0.3228, -0.0187, 0.9463)15.97, -64.07, 54.04

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要素

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1 / MTR4P / MRNA TRANSPORT REGULATOR MTR4


分子量: 115203.617 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 81-1073 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: P47047, RNA helicase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 RNA (5'-(*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1601.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-80 REMOVED FROM THIS CONSTRUCT. N-TERMINAL METHIONINE IS REMNANT FROM TAG CLEVAGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 50 MM MES PH 6.0, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 20 % (W/V) PEG3350. 15% ETHYLENE GLYCOL WAS USED AS A CRYOPROTECTANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月30日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR, MERIDIONAL - VERTICAL
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→53.4 Å / Num. obs: 55417 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 53.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN HOUSE SE-MET MAD STRUCTURE

解像度: 2.9→53.453 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 363-391 IN CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 81-116, 363-391 509-511, 522-531 AND 672-809 IN CHAIN B ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 2806 5.1 %
Rwork0.2005 --
obs0.203 55391 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.11 Å2 / ksol: 0.282 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2091 Å20 Å22.288 Å2
2--2.5094 Å20 Å2
3----2.3003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→53.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13537 217 54 81 13889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62319139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7045179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.950.29831360.23512654X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.00360.31641400.24772609X-RAY DIFFRACTION100
3.0036-3.06140.31911420.24632647X-RAY DIFFRACTION100
3.0614-3.12390.2891440.24842622X-RAY DIFFRACTION100
3.1239-3.19180.32781360.24312625X-RAY DIFFRACTION100
3.1918-3.2660.30871400.23462604X-RAY DIFFRACTION100
3.266-3.34770.28381330.23952631X-RAY DIFFRACTION100
3.3477-3.43820.31441400.2252658X-RAY DIFFRACTION100
3.4382-3.53940.26291440.21322606X-RAY DIFFRACTION100
3.5394-3.65360.28041430.19932625X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-3.78410.23131400.18462617X-RAY DIFFRACTION100
3.7841-3.93560.22161350.1882658X-RAY DIFFRACTION100
3.9356-4.11460.24531280.1772607X-RAY DIFFRACTION100
4.1146-4.33150.22781540.1652633X-RAY DIFFRACTION100
4.3315-4.60270.1981470.15422610X-RAY DIFFRACTION99
4.6027-4.95790.17841440.14812618X-RAY DIFFRACTION99
4.9579-5.45640.22941500.18412625X-RAY DIFFRACTION99
5.4564-6.24490.28521270.19442653X-RAY DIFFRACTION99
6.2449-7.86390.21331460.19812630X-RAY DIFFRACTION99
7.8639-53.46160.1941370.19372653X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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