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万見
- PDB-5wqe: Crystal structure of Alicyclobacillus acidoterrestris C2c1 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wqe
タイトルCrystal structure of Alicyclobacillus acidoterrestris C2c1 in complex with single-guide RNA at 3.1 Angstrom resolution
要素
  • CRISPR-associated endonuclease C2c1
  • RNA (60-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Cas endonuclease / Recognition lobe / Nuclease lobe
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / CRISPR-associated endonuclease C2c1 Nuc-II domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1 second helical domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1 first helical domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1, wedge domain, second region / : / : / C2c1 CRISPR-Cas endonuclease, RuvC-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated endonuclease Cas12b
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
Alicyclobacillus acidoterrestris ATCC 49025 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.126 Å
データ登録者Liu, L. / Wang, Y.L.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
National Natural Science Foundation of China31571335 中国
National Natural Science Foundation of China31400640 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB910102 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08010203 中国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: C2c1-sgRNA Complex Structure Reveals RNA-Guided DNA Cleavage Mechanism
著者: Liu, L. / Chen, P. / Wang, M. / Li, X. / Wang, J. / Yin, M. / Wang, Y.
履歴
登録2016年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease C2c1
B: RNA (60-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,2452
ポリマ－169,2452
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area56990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.554, 129.836, 84.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease C2c1 / AacC2c1


分子量: 132877.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
株: ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B
遺伝子: c2c1, N007_06525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: T0D7A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 36367.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Alicyclobacillus acidoterrestris ATCC 49025 (バクテリア)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M LiCl and 16% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 27598 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.126→48.642 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 1340 4.86 %
Rwork0.2376 --
obs0.2391 27598 79.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.126→48.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7988 1278 0 42 9308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89313227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8493709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1291472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1262-3.23790.4058190.2996532X-RAY DIFFRACTION16
3.2379-3.36750.3654510.29981132X-RAY DIFFRACTION34
3.3675-3.52070.35051060.29181980X-RAY DIFFRACTION60
3.5207-3.70630.29691320.26842766X-RAY DIFFRACTION84
3.7063-3.93840.27431780.24953264X-RAY DIFFRACTION99
3.9384-4.24230.23261710.22723294X-RAY DIFFRACTION100
4.2423-4.66890.2281870.20353276X-RAY DIFFRACTION99
4.6689-5.34380.22981780.20583305X-RAY DIFFRACTION100
5.3438-6.72980.29111580.24163332X-RAY DIFFRACTION100
6.7298-48.64770.27451600.23623377X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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