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Yorodumi- PDB-3wc1: Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wc1 | ||||||
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Title | Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) with a G-1 deleted tRNA(His) | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/RNA / protein-tRNA complex / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | RNA / RNA (> 10) / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 4.18 Å | ||||||
Authors | Nakamura, A. / Nemoto, T. / Sonoda, T. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structural basis of reverse nucleotide polymerization Authors: Nakamura, A. / Nemoto, T. / Heinemann, I.U. / Yamashita, K. / Sonoda, T. / Komoda, K. / Tanaka, I. / Soll, D. / Yao, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wc1.cif.gz | 571.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wc1.ent.gz | 474.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wc1_validation.pdf.gz | 491.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3wc1_full_validation.pdf.gz | 508.1 KB | Display | |
Data in XML | 3wc1_validation.xml.gz | 37.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3wc1_validation.cif.gz | 51.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wc1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wbzC 3wc0C 3wc2SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32689.248 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1-262 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (yeast) / Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 / Gene: CaO19.7063, CAWG_05412, orf19.7063, THG1 / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: Q5AFK5 #2: RNA chain | Mass: 24043.197 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: in vitro transcription |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Bis-Tris propan, CaCl2, PEG3350, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.97906 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97906 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.18→48.786 Å / Num. obs: 12539 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 168.154 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 12.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 3WC2 Resolution: 4.18→42.952 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6699 / SU ML: 0.69 / Phase error: 37.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 332.98 Å2 / Biso mean: 135.0333 Å2 / Biso min: 12.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.18→42.952 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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