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Yorodumi- PDB-5axw: Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5axw | ||||||
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Title | Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM) | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2015 Title: Crystal Structure of Staphylococcus aureus Cas9. Authors: Nishimasu, H. / Cong, L. / Yan, W.X. / Ran, F.A. / Zetsche, B. / Li, Y. / Kurabayashi, A. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5axw.cif.gz | 569.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5axw.ent.gz | 459.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5axw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8439.460 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Target DNA / Source: (synth.) Staphylococcus aureus (bacteria) |
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#4: DNA chain | Mass: 2497.651 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Non-target DNA / Source: (synth.) Staphylococcus aureus (bacteria) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 124365.914 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N580A/C946A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Gene: cas9 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Rosetta2 References: UniProt: J7RUA5, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: RNA chain | Mass: 23525.975 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Guide RNA / Source: (synth.) Staphylococcus aureus (bacteria) |
-Non-polymers , 4 types, 83 molecules
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→49.67 Å / Num. obs: 64328 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→49.67 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 250.42 Å2 / Biso mean: 82.4385 Å2 / Biso min: 30.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→49.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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