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- PDB-2wkp: Structure of a photoactivatable Rac1 containing Lov2 Wildtype -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkp
タイトルStructure of a photoactivatable Rac1 containing Lov2 Wildtype
要素NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
キーワードTRANSFERASE / CELL ADHESION / GTPASE / SMALL G-PROTEIN / RHO FAMILY / RAS SUPERFAMILY LOV2 / ATP-BINDING / LIGHT-INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION / LOV2 / PHOTOTROPIN1 / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / positive regulation of ovarian follicle development / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation ...embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / positive regulation of ovarian follicle development / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / Activated NTRK2 signals through CDK5 / localization within membrane / kinocilium / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / interneuron migration / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell / NTRK2 activates RAC1 / blue light photoreceptor activity / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / cochlea morphogenesis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / regulation of neuron maturation / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / ruffle organization / midbrain dopaminergic neuron differentiation / epithelial cell morphogenesis / GTP-dependent protein binding / positive regulation of bicellular tight junction assembly / cell projection assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / negative regulation of fibroblast migration / regulation of neuron migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / cell-cell junction organization / motor neuron axon guidance / Nef and signal transduction / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / RHO GTPases activate KTN1 / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / DCC mediated attractive signaling / quinolinate biosynthetic process / MET activates RAP1 and RAC1 / Azathioprine ADME / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / hyperosmotic response / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / superoxide anion generation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of ruffle assembly / dendrite morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of dendritic spine development / synaptic transmission, GABAergic / pericentriolar material / positive regulation of actin filament polymerization / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of synaptic vesicle endocytosis / RHO GTPases activate IQGAPs / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of lamellipodium assembly / RHO GTPases activate PKNs / phagocytic cup / positive regulation of stress fiber assembly / cell projection / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization
類似検索 - 分子機能
PAS domain / Small GTPase Rho / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain ...PAS domain / Small GTPase Rho / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / non-specific serine/threonine protein kinase / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種AVENA SATIVA (エンバク)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wu, Y.I. / Frey, D. / Lungu, O.I. / Jaehrig, A. / Schlichting, I. / Kuhlman, B. / Hahn, K.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: A Genetically Encoded Photoactivatable Rac Controls the Motility of Living Cells.
著者: Wu, Y.I. / Frey, D. / Lungu, O.I. / Jaehrig, A. / Schlichting, I. / Kuhlman, B. / Hahn, K.M.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6475
ポリマ－37,6031
非ポリマー1,0444
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.880, 113.880, 69.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 / RAC1_HUMAN / P21-RAC1 / RAS-LIKE PROTEIN TC25 / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 5 PROTEIN


分子量: 37602.984 Da / 分子数: 1
断片: NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AVENA SATIVA (エンバク), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 GOLD / 参照: UniProt: O49003, UniProt: P63000

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非ポリマー , 5種, 317分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 61 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 91 TO HIS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 61 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 91 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 92 TO HIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM CA ACETATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.5, 12 % (W/V) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 41136 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1MH1, 2VOU

1mh1

2vou


解像度: 1.9→40.221 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 2037 4.9 %
Rwork0.1658 --
obs0.1673 41133 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.155 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5869 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5869 Å20 Å2
3----3.1739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 65 313 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1963756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1721044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94420.27691350.21462570X-RAY DIFFRACTION100
1.9442-1.99280.20911340.19082607X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.04670.21161360.17552561X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.10690.21321320.16882571X-RAY DIFFRACTION100
2.1069-2.17490.19741300.16932577X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.25260.19921340.16532589X-RAY DIFFRACTION100
2.2526-2.34280.25381350.16782605X-RAY DIFFRACTION100
2.3428-2.44940.22311380.17042564X-RAY DIFFRACTION100
2.4494-2.57860.2281360.17612634X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.74010.23551370.17012591X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-2.95160.19451360.17992614X-RAY DIFFRACTION100
2.9516-3.24850.17781350.16812616X-RAY DIFFRACTION100
3.2485-3.71830.15941410.15112626X-RAY DIFFRACTION100
3.7183-4.68350.14831380.13512649X-RAY DIFFRACTION100
4.6835-40.22980.18831400.16032722X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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