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- PDB-1ryh: Alternative Splicing of Rac1 Generates Rac1b, a Self-activating GTPase -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ryh | ||||||
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Title | Alternative Splicing of Rac1 Generates Rac1b, a Self-activating GTPase | ||||||
![]() | ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 isoform Rac1b | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmadian, M.R. / Fiegen, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Alternative Splicing of Rac1 Generates Rac1b, a Self-activating GTPase Authors: Fiegen, D. / Haeusler, L.C. / Blumenstein, L. / Herbrand, U. / Dvorsky, R. / Vetter, I.R. / Ahmadian, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 84.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 67.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 957 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 964.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ryfC ![]() 1mh1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22369.801 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-201 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.05 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→26.261 Å / Num. obs: 40221 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 26.26 Å / Num. obs: 38875 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 138306 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.75 Å / Lowest resolution: 1.85 Å / % possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.75 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1MH1 Resolution: 1.75→26.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.13 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.108 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.973 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→26.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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