+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xic | ||||||
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Title | ANTPHD WITH 15BP di-thioate modified DNA DUPLEX | ||||||
Components |
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Keywords | Transcription Regulator/DNA / DNA Binding / Methylated DNA / ZINC FINGER / TRANSCRIPTION / Transcription Regulator-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69 Å | ||||||
Authors | White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J. | ||||||
Citation | Journal: Biophys.J. / Year: 2015 Title: Entropic Enhancement of Protein-DNA Affinity by Oxygen-to-Sulfur Substitution in DNA Phosphate. Authors: Zandarashvili, L. / Nguyen, D. / Anderson, K.M. / White, M.A. / Gorenstein, D.G. / Iwahara, J. #1: Journal: Genes Dev. / Year: 2014 Title: Wilms tumor protein recognizes 5-carboxylcytosine within a specific DNA sequence. Authors: Hashimoto, H. / Olanrewaju, Y.O. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xic.cif.gz | 135.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xic.ent.gz | 103.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xic.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xic_validation.pdf.gz | 477.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xic_full_validation.pdf.gz | 479.6 KB | Display | |
Data in XML | 4xic_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4xic_validation.cif.gz | 11.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xic | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xidSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 7961.297 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 297-356 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Antp, CG1028 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02833 |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 4683.193 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #3: DNA chain | Mass: 4525.944 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 20 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 mM BTP, 10 mM NiCl, 5% MPD / PH range: 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.69→40 Å / Num. obs: 18508 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 46.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 16.154 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 109936 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4XID Resolution: 2.69→37.439 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.69→37.439 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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