PDB-2vz6: Structure of human calcium calmodulin dependent protein kinase ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vz6

タイトル

Structure of human calcium calmodulin dependent protein kinase type II alpha (CAMK2A) in complex with Indirubin E804

要素

CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN

キーワード

TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / CELL JUNCTION / CELL MEMBRANE / LONG TERM POTENTIATION / BRAIN / KINASE / SYNAPSE / MEMBRANE / NMDA RECEPTOR SIGNALLING / PHOSPHOPROTEIN / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of neuron migration / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity ...peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of neuron migration / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Phase 0 - rapid depolarisation / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of neuronal synaptic plasticity / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / glutamate receptor binding / cellular response to interferon-beta / Ion homeostasis / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RAF activation / cellular response to type II interferon / G1/S transition of mitotic cell cycle / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium ion transport / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / endocytic vesicle membrane / kinase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Ca2+ pathway / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / dendritic spine / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pike, A.C.W. / Rellos, P. / King, O. / Salah, E. / Parizotto, E. / Fedorov, O. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Roos, A. / Murray, J.W. ...

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Camkiidelta/Calmodulin Complex Reveals the Molecular Mechanism of Camkii Kinase Activation.
著者: Rellos, P. / Pike, A.C.W. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Lee, W.H. / von Delft, F. / Knapp, S.

履歴

登録	2008年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2vz6.ent.gz	108.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2vz6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ux0C 2v7oSC 2vn9C 2w2cC 2welC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ayw-1 5mrd-d 5vlo-2 3nay-1 1ls5-2 5hs4-d 3oqf-1 4wnp-1 3c0h-1 6x8e-1 4j99-2 4gjc-1 3tl2-d 4twc-2 4f1t-d 5v8v-2 4plz-d 5kbq-1 4gdn-1 2g1o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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クリスタリン (Crystallins)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN

B: CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN

ヘテロ分子

72.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.244, 113.621, 131.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	1	A	A	13 - 21	24 - 32
2	1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	1	B	B	13 - 21	24 - 32
1	2	1	VAL	VAL	VAL	VAL	1	A	A	26 - 31	37 - 42
2	2	1	VAL	VAL	VAL	VAL	1	B	B	26 - 31	37 - 42
1	3	1	LYS	LYS	GLN	GLN	6	A	A	32 - 37	43 - 48
2	3	1	LYS	LYS	GLN	GLN	6	B	B	32 - 37	43 - 48
1	4	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1	A	A	38 - 47	49 - 58
2	4	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1	B	B	38 - 47	49 - 58
1	5	1	LYS	LYS	PRO	PRO	6	A	A	48 - 70	59 - 81
2	5	1	LYS	LYS	PRO	PRO	6	B	B	48 - 70	59 - 81
1	6	1	ASN	ASN	GLU	GLU	4	A	A	71 - 81	82 - 92
2	6	1	ASN	ASN	GLU	GLU	4	B	B	71 - 81	82 - 92
1	7	1	PHE	PHE	MET	MET	6	A	A	-3 - 0	20 - 23
2	7	1	PHE	PHE	MET	MET	6	B	B	-3 - 0	20 - 23
1	1	2	HIS	HIS	TRP	TRP	1	A	A	84 - 270	95 - 281
2	1	2	HIS	HIS	TRP	TRP	1	B	B	84 - 270	95 - 281
1	2	2	ILE	ILE	CYS	CYS	4	A	A	271 - 280	282 - 291
2	2	2	ILE	ILE	CYS	CYS	4	B	B	271 - 280	282 - 291
1	3	2	MET	MET	ASN	ASN	1	A	A	281 - 294	292 - 305
2	3	2	MET	MET	ASN	ASN	1	B	B	281 - 294	292 - 305
1	4	2	ALA	ALA	LEU	LEU	4	A	A	295 - 299	306 - 310
2	4	2	ALA	ALA	LEU	LEU	4	B	B	295 - 299	306 - 310

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.986, -0.109, 0.124), (0.13, -0.048, 0.99), (-0.102, 0.993, 0.062)
ベクター: 63.29433, 28.29945, -15.66426)

#1: タンパク質	CALCIUM CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II ALPHA CHAIN / CAM-KINASE II ALPHA CHAIN / CAM KINASE II SUBUNIT ALPHA / CAMK-II SUBUNIT ALPHA 分子量: 35641.898 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 13-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 参照: UniProt: Q9UQM7, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-FEF / (2Z,3E)-2,3'-BIINDOLE-2',3(1H,1'H)-DIONE 3-{O-[(3R)-3,4-DIHYDROXYBUTYL]OXIME} 分子量: 365.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₃O₄
#3: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 12% PEG6000, 0.1M TRIS PH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9828
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9828 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.88 Å / Num. obs: 51687 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 37 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V7O

2v7o

解像度: 2.3→43.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 9.292 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	2269	4.4 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	49347	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4654	0	69	311	5034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.967	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3.001	8044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.205	5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.262	23.5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.716	15	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.773	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.111	0.2	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.073	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.29	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.177	3	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.535	5	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.907	8	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.025	11	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	354	tight positional	0.21	0.05
1	2	B	354	tight positional	0.21	0.05
2	1	A	2710	tight positional	0.28	0.05
2	2	B	2710	tight positional	0.28	0.05
1	1	A	155	medium positional	0.46	0.5
1	2	B	155	medium positional	0.46	0.5
2	1	A	190	medium positional	0.51	0.5
2	2	B	190	medium positional	0.51	0.5
1	1	A	453	loose positional	0.74	5
1	2	B	453	loose positional	0.74	5
1	1	A	354	tight thermal	0.92	0.5
1	2	B	354	tight thermal	0.92	0.5
2	1	A	2710	tight thermal	1.02	0.5
2	2	B	2710	tight thermal	1.02	0.5
1	1	A	155	medium thermal	0.81	2
1	2	B	155	medium thermal	0.81	2
2	1	A	190	medium thermal	1.11	2
2	2	B	190	medium thermal	1.11	2
1	1	A	453	loose thermal	1.01	10
1	2	B	453	loose thermal	1.01	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.322	171
R_work	0.246	3586

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5879	-0.9687	4.2377	3.5651	-0.2489	11.047	-0.1041	0.0713	0.1962	0.2895	0.0286	-0.2547	-0.1157	0.5755	0.0756	-0.0378	-0.0043	-0.0138	0.2017	0.0824	0.1358	63.9968	62.4157	21.2157
2	2.7664	-0.6889	-0.4802	4.3681	0.3128	1.9355	0.2494	-0.3118	0.516	0.2651	-0.3714	-0.7486	-0.4961	0.6018	0.122	0.1188	-0.0953	-0.0948	0.0983	0.0588	0.1604	54.4187	70.6515	25.9448
3	2.0813	0.541	0.5553	2.0985	-0.114	1.845	0.0191	0.0398	0.0992	-0.003	-0.0548	-0.0722	-0.1171	0.0301	0.0357	-0.1141	-0.0004	0.0275	-0.1483	0.0057	-0.1881	34.0539	65.9257	16.2342
4	1.7328	0.6077	-0.4674	2.5564	-0.2815	3.9827	0.0571	0.1062	-0.1145	-0.1552	-0.0422	-0.0748	0.1483	0.0868	-0.0149	-0.1607	0.0258	-0.0445	-0.1385	-0.0052	-0.1954	31.4483	56.805	14.0852
5	9.5331	-0.9931	-2.8294	10.3267	2.3092	11.9296	-0.3574	0.1662	0.1951	0.4755	0.1739	0.8693	-0.2037	-0.946	0.1836	-0.1222	-0.1446	-0.0521	0.3037	-0.0647	0.0991	-3.2357	54.5846	41.6888
6	1.9584	0.1571	-1.6803	0.5254	0.2279	6.7951	-0.0225	0.0886	0.314	0.015	0.0158	0.2751	0.0015	-0.9284	0.0067	-0.008	0.0262	-0.0046	0.0682	0.0033	-0.0058	5.2157	57.1919	51.0527
7	1.4079	-0.4887	-0.6093	1.2119	0.1387	2.5437	-0.1009	-0.1149	-0.0859	0.1699	0.0793	0.0608	0.2944	-0.0847	0.0216	-0.084	-0.0404	-0.0092	-0.1823	0.0359	-0.1555	24.9115	46.1812	47.3837
8	3.4878	2.1937	-0.987	4.6223	-0.6624	2.5876	-0.0504	0.101	-0.1233	-0.0667	-0.0249	0.2531	0.3986	-0.1011	0.0753	-0.0548	0.0126	-0.0337	-0.1894	0.0134	-0.1289	26.5114	41.3736	35.6347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	258 - 299
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-5 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	40 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	94 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	267 - 300

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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