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- PDB-2vxv: Crystal structure of human IgG ABT-325 Fab Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxv
タイトルCrystal structure of human IgG ABT-325 Fab Fragment
要素(HUMAN IGG ABT-325) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-18 / FAB / TH1/TH2 CELLS / AUTOIMMUNITY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Xiang, T. / Wu, C. / Ghayur, T. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Unusual Water-Mediated Antigenic Recognition of the Proinflammatory Cytokine Interleukin-18.
著者: Argiriadi, M.A. / Xiang, T. / Wu, C. / Ghayur, T. / Borhani, D.W.
履歴
登録2008年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HUMAN IGG ABT-325
L: HUMAN IGG ABT-325
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7794
ポリマ－47,4662
非ポリマー3132
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-33.7 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.406, 74.069, 107.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 HUMAN IGG ABT-325


分子量: 23946.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: ABT-325 IS A RECOMBINANT HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY, DERIVED BY IN VITRO SELECTION OF HUMAN IMMUNOGLOBULIN LIBRARIES.
細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#2: 抗体 HUMAN IGG ABT-325


分子量: 23518.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: ABT-325 IS A RECOMBINANT HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY, DERIVED BY IN VITRO SELECTION OF HUMAN IMMUNOGLOBULIN LIBRARIES.
細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 10.5
詳細: ABT-325 FAB FRAGMENT (20 MG/ML, 2 MICROLITERS [UL]) WAS MIXED WITH 2 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25 TO 30% POLYETHYLENEGLYCOL (PEG) 400, 100 MM CAPS, PH 10.5 AND SUSPENDED OVER ...詳細: ABT-325 FAB FRAGMENT (20 MG/ML, 2 MICROLITERS [UL]) WAS MIXED WITH 2 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25 TO 30% POLYETHYLENEGLYCOL (PEG) 400, 100 MM CAPS, PH 10.5 AND SUSPENDED OVER THE RESERVOIR AT 277 K. ROD-LIKE CRYSTALS APPEARED WITHIN ONE DAY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1.000037
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 83126 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FNS

1fns


解像度: 1.49→30.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.264 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 4138 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.155 78910 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→30.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 20 576 3929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9525076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9033.0046054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4785496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47524.485136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.57715586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.22488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22067
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2571.53024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50423879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60131597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5334.51197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.293 252
Rwork0.26 5150
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67960.7570.30812.09510.56930.8282-0.04670.05320.0622-0.07320.06530.0505-0.02620.0458-0.0186-0.03030.0027-0.0089-0.02680.0185-0.01924.89118.53-0.601
21.1837-0.1917-0.0081.081-0.22471.2376-0.0208-0.0589-0.05550.00740.00780.05290.0535-0.04920.0131-0.0188-0.0016-0.0117-0.03020.0009-0.02654.632-10.7424.004
31.02310.64140.02981.5876-0.38820.74220.0773-0.05060.04850.1364-0.04420.04320.02410.008-0.03310.0118-0.0073-0.0094-0.0188-0.0062-0.048430.10711.4619.972
40.3774-0.09130.08461.33330.54281.3062-0.0067-0.0112-0.05220.0387-0.01720.03620.0096-0.0290.0239-0.027-0.0029-0.0043-0.02610.0088-0.02516.94-20.4329.121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2H115 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4L109 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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