PDB-4gq9: Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gq9

タイトル

Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment

要素

Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment heavy chain
Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / IgG fold / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.995 Å

データ登録者

Sun, S. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structural analyses at pseudo atomic resolution of Chikungunya virus and antibodies show mechanisms of neutralization.
著者: Siyang Sun / Ye Xiang / Wataru Akahata / Heather Holdaway / Pankaj Pal / Xinzheng Zhang / Michael S Diamond / Gary J Nabel / Michael G Rossmann /

要旨: A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 ...

履歴

登録	2012年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gq9.cif.gz	178.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gq9.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gq9_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gq9_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	4gq9_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4gq9_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5576C 5577C 5578C 5579C 5580C 3j2wC 3j2xC 3j2yC 3j2zC 3j30C 3dggS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t0y-1 7jxd-1 4kjw-2 4tuk-d 6oed-3 2vxv-d 1ghf-d 5vh3-2 5vh3-1 6ugu-1 4kk6-2 4wht-5 4m43-d 4hh9-2 1igj-1 4evn-7 6c6x-3 4evn-6 4kkc-2 6p9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment light chain

H: Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment heavy chain

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.859, 57.726, 118.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment light chain 分子量: 23303.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment heavy chain 分子量: 23441.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-Cl pH 8.5 and 0.2M lithium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96801 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.995→50 Å / Num. all: 11921 / Num. obs: 11714 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 62.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 2.995→3.05 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 590 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DGG

3dgg

解像度: 2.995→43.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.803 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.726 / SU B: 92.327 / SU ML: 0.749 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.59 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3593	568	4.8 %	RANDOM
R_work	0.32334	-	-	-
all	0.3251	11921	-	-
obs	0.3251	11349	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	0 Å²	-1.72 Å²
2-	-	2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.995→43.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3280	0	0	0	3280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.91	1.949	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.944	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.398	24.206	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.516	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.535	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.288	0.2	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.028	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.059	1.5	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.106	2	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.108	3	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.181	4.5	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.995→3.073 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	33	-
R_work	0.39	776	-
obs	-	776	91.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7245	-0.3208	0.4994	7.6314	0.4386	5.537	-0.0557	0.6203	-0.3623	-0.4869	0.0814	0.0858	0.437	0.1445	-0.0257	0.1625	-0.0518	0.0575	0.1487	-0.0767	0.0714	-24.1931	-5.3382	46.7465
2	8.2473	1.8107	-3.2993	8.0835	-2.2751	6.3136	-0.0783	0.7431	-0.3054	-1.7219	-0.2386	-0.8359	0.2569	0.7387	0.3169	1.5952	0.0468	-0.0798	1.3388	-0.3531	0.2677	-22.7657	-1.4664	10.1907
3	6.3499	-0.0586	0.2512	5.7998	1.1451	5.8852	-0.1721	0.5704	0.3375	-0.4211	0.0928	-0.203	-0.3135	0.359	0.0792	0.1803	-0.059	-0.0623	0.1703	0.0364	0.1093	-15.8368	15.3073	46.4389
4	14.2985	0.2292	1.4797	3.9487	0.6612	2.1688	0.1275	1.0258	0.798	-1.2551	-0.2941	1.0899	0.1233	-0.2919	0.1666	1.429	0.0503	-0.3025	1.4264	0.2253	0.4337	-30.3466	12.7728	13.5418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	107 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	119 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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