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万見
- PDB-2vwm: Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vwm
タイトルAminopyrrolidine Factor Xa inhibitor
要素
  • ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
  • FACTOR X LIGHT CHAIN
キーワードBLOOD CLOTTING / HYDROLASE / CATION / PLASMA / CALCIUM / ZYMOGEN / PROTEASE / INHIBITOR / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / COAGULATION FACTOR / HYDROXYLATION / SERINE PROTEASE / EGF-LIKE DOMAIN / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LZI / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Groebke-Zbinden, K. / Banner, D.W. / Benz, J.M. / Blasco, F. / Decoret, G. / Himber, J. / Kuhn, B. / Panday, N. / Ricklin, F. / Risch, P. ...Groebke-Zbinden, K. / Banner, D.W. / Benz, J.M. / Blasco, F. / Decoret, G. / Himber, J. / Kuhn, B. / Panday, N. / Ricklin, F. / Risch, P. / Schlatter, D. / Stahl, M. / Unger, R. / Haap, W.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Design of Novel Aminopyrrolidine Factor Xa Inhibitors from a Screening Hit.
著者: Zbinden, K.G. / Anselm, L. / Banner, D.W. / Benz, J.M. / Blasco, F. / Decoret, G. / Himber, J. / Kuhn, B. / Panday, N. / Ricklin, F. / Risch, P. / Schlatter, D. / Stahl, M. / Thomi, S. / Unger, R. / Haap, W.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
B: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
K: FACTOR X LIGHT CHAIN
L: FACTOR X LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6588
ポリマ－66,4684
非ポリマー1,1904
水10,106561
1
A: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
L: FACTOR X LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8294
ポリマ－33,2342
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-12.9 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PQS
2
B: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
K: FACTOR X LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8294
ポリマ－33,2342
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PQS
3
A: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7683
ポリマ－27,1731
非ポリマー5952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: FACTOR X LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0611
ポリマ－6,0611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7683
ポリマ－27,1731
非ポリマー5952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: FACTOR X LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0611
ポリマ－6,0611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.930, 77.110, 74.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN


分子量: 27172.980 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 FACTOR X LIGHT CHAIN


分子量: 6060.816 Da / 分子数: 2 / 断片: EGF2, RESIDUES 126-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#3: 化合物 ChemComp-LZI / (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide


分子量: 572.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27ClFN5O4S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 372 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 372 TO GLU
非ポリマーの詳細HETGROUP LZI : THE CYCLOPROPYL-METHYL GROUP OF THE INHIBITOR HAS NO ELECTRON DENSITY.THE AMIDE ...HETGROUP LZI : THE CYCLOPROPYL-METHYL GROUP OF THE INHIBITOR HAS NO ELECTRON DENSITY.THE AMIDE LINKAGE MAY HAVE BEEN HYDROLYSED TO LEAVE THE FREE ACID.
配列の詳細ARG-GLU MUTANT.THE RESIDUE NUMBERING IN THE CATALYTIC DOMAIN FOLLOWS THAT OF CHYMOTRYPSINOGEN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月19日 / 詳細: OSMICS
放射モノクロメーター: OSMICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 36648 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.01 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.57 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVC

2vvc


解像度: 1.96→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 5.249 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1839 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.204 34816 91.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0.19 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→74.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4389 0 80 561 5030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9666293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.40723.876209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1915797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5431531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.52828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45524551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88431824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8794.51742
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 139
Rwork0.233 2730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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