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- PDB-1xkb: FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xkb
タイトルFACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID
要素(BLOOD COAGULATION FACTOR XA) x 2
キーワードBLOOD COAGULATION FACTOR / SERINE PROTEINASE / EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4PP / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kamata, K. / Kim, S.H.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structural basis for chemical inhibition of human blood coagulation factor Xa.
著者: Kamata, K. / Kawamoto, H. / Honma, T. / Iwama, T. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition
著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution
著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W.
履歴
登録1998年3月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
C: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
B: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
D: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8799
ポリマ－73,9824
非ポリマー8975
水5,386299
1
A: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
C: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4595
ポリマ－36,9912
非ポリマー4693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
2
B: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
D: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4194
ポリマ－36,9912
非ポリマー4292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
3
A: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
C: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子

B: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
D: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8799
ポリマ－73,9824
非ポリマー8975
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area7580 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
4
A: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
C: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子

B: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
D: BLOOD COAGULATION FACTOR XA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8799
ポリマ－73,9824
非ポリマー8975
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.270, 105.220, 63.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BLOOD COAGULATION FACTOR XA / STUART FACTOR


分子量: 10386.538 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 BLOOD COAGULATION FACTOR XA / STUART FACTOR


分子量: 26604.297 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-4PP / (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID


分子量: 388.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlDes[1-44] Factor Xa1drop
21 mMFX-22121drop
310 %PEG33501reservoir
450 mMMES1reservoir
5100 mM1reservoirLi2SO4
64 mM1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月24日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 26594 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 58.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 78773
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HCG

1hcg


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1916 8 %RAMDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 24386 86.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5073 0 61 299 5433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 137 3.9 %
Rwork0.354 1528 -
obs--47.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.64
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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