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万見
- PDB-2vh6: Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vh6
タイトルStructure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with biaryl P4 motifs
要素
  • ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
  • ACTIVATED FACTOR XA LIGHT CHAIN
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / EGF-LIKE DOMAIN / BLOOD COAGULATION / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / HYDROXYLATION / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / CALCIUM / ZYMOGEN / COMPLEX / PROTEASE / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GSV / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Young, R.J. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chan, C. / Charbaut, M. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Kelly, H.A. ...Young, R.J. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chan, C. / Charbaut, M. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Kelly, H.A. / King, N.P. / Kleanthous, S. / Mason, A.M. / Pateman, A.J. / Patikis, A.N. / Pinto, I.L. / Pollard, D.R. / Senger, S. / Shah, G.P. / Toomey, J.R. / Watson, N.S. / Weston, H.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Structure and Property Based Design of Factor Xa Inhibitors: Pyrrolidin-2-Ones with Biaryl P4 Motifs.
著者: Young, R.J. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chan, C. / Charbaut, M. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Kelly, H.A. / Paul King, N. / Kleanthous, S. / Mason, A. ...著者: Young, R.J. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chan, C. / Charbaut, M. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Kelly, H.A. / Paul King, N. / Kleanthous, S. / Mason, A.M. / Pateman, A.J. / Patikis, A.N. / Pinto, I.L. / Pollard, D.R. / Senger, S. / Shah, G.P. / Toomey, J.R. / Watson, N.S. / Weston, H.E.
履歴
登録2007年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
B: ACTIVATED FACTOR XA LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3183
ポリマ－43,7612
非ポリマー5571
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-12.5 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.959, 72.309, 78.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN / STUART FACTOR / STUART-PROWER FACTOR


分子量: 28550.596 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488 / 由来タイプ: 天然
詳細: PURCHASED FROM ENZYME RESEARCH LABS. ISOLATED FROM HUMAN BLOOD
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 ACTIVATED FACTOR XA LIGHT CHAIN / STUART FACTOR / STUART-PROWER FACTOR


分子量: 15210.793 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179 / 由来タイプ: 天然
詳細: PURCHASED FROM ENZYME RESEARCH LABS. ISOLATED FROM HUMAN BLOOD
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#3: 化合物 ChemComp-GSV / 2-(5-chlorothiophen-2-yl)-N-{(3S)-1-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}ethanesulfonamide


分子量: 557.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClFN2O5S3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SOME RESIDUES IN CHAIN ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY. SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1-45 (THE ...SOME RESIDUES IN CHAIN ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY. SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1-45 (THE GLA DOMAIN) WERE BIOCHEMICALLY REMOVED IN CHAIN B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.62 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.85
詳細: CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM ...詳細: CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM MES-NAOH (PH5.7-6.0), 5MM CACL2 AND 50MM NACL, pH 5.85

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→25 Å / Num. obs: 22951 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0006精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.243 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24163 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.19676 ---
obs0.19906 21412 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 35 171 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.9633133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9485283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.10624.057106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06915392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0751515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72121456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93642262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7165998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4577871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 63
Rwork0.261 1114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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