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- PDB-2rmc: Crystal structure of murine cyclophilin C complexed with immunosu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rmc
タイトルCrystal structure of murine cyclophilin C complexed with immunosuppressive drug cyclosporin A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPPRESSANT / CYCLOPHILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Ke, H. / Zhao, Y. / Luo, F. / Weissman, I. / Friedman, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Murine Cyclophilin C Complexed with Immunosuppressive Drug Cyclosporin A
著者: Ke, H. / Zhao, Y. / Luo, F. / Weissman, I. / Friedman, J.
履歴
登録1994年1月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年11月1日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_sites.fract_transf_vector[1] ..._atom_site.Cartn_x / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
B: CYCLOSPORIN A
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
D: CYCLOSPORIN A
E: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
F: CYCLOSPORIN A
G: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
H: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6498
ポリマ－84,6498
非ポリマー00
水7,224401
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
B: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1622
ポリマ－21,1622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area998 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8428 Å2
手法PISA
2
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1622
ポリマ－21,1622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area993 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8479 Å2
手法PISA
3
E: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
F: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1622
ポリマ－21,1622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area984 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8553 Å2
手法PISA
4
G: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C
H: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1622
ポリマ－21,1622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area994 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8459 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.300, 74.000, 97.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUE ALA 8 IN CHAINS B, D, F, AND H IS A D-ALANINE.

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要素

#1: タンパク質
PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE C / ROTAMASE C / CYCLOPHILIN C


分子量: 19941.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P30412, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
CYCLOSPORIN A / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlcomplex11
220 mMTris12
32 mMdithiothreitol12
42 mMEDTA12
50.5 mM12NaN3
614 %(w/v)PEG335012
76 %(v/v)ethanol12
82 %(v/v)isopropanol12
90.2 Mammonium sulfate12
100.01 mMCsA12

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.64 Å / Num. obs: 73850 / Num. measured all: 139812 / Rmerge(I) obs: 0.04

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.64→6 Å
詳細: THE SPACE GROUP IS P21 WITH THE ORIGIN AT 1/4 OF X SO THAT THE SYMMETRY IS (X,Y,Z) AND (1/2-X, 1/2+Y,-X).
Rfactor反射数
Rwork0.197 -
obs0.197 72159
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5928 0 0 401 6329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.68
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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