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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q5e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 2 | ||||||
要素 | Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / XBP1(S) activates chaperone genes / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein-serine/threonine phosphatase / IRE1-mediated unfolded protein response / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / negative regulation of protein phosphorylation / nucleoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Bonanno, J.B. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Lau, C. / Romero, R. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2007 タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q5e.cif.gz | 288 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q5e.ent.gz | 235.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rxdC 2fh7C 2g59C 2hcmC 2hhlC 2hxpC 2hy3C 2i0oC 2i1yC 2i44C 2iq1C 2irmC 2isnC 2nv5C 2oycC 2p27C 2p4uC 2p69C 2p8eC 2pbnC 2qjcC 2r0bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21240.197 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 87-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTDSP2, NIF2, OS4 / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14595, protein-serine/threonine phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 2.8 M Sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→96.76 Å / Num. all: 72419 / Num. obs: 72419 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 56.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.51→2.65 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8821 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 81.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 10.246 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.075 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.574 Å / Total num. of bins used: 20
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