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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2isn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a phosphatase from a pathogenic strain Toxoplasma gondii | ||||||
![]() | NYSGXRC-8828z, phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / 8828z / phosphatase / pathogenic strain / praseodymium / sulfate / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / PRASEODYMIUM ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rxdC ![]() 2fh7C ![]() 2g59C ![]() 2hcmC ![]() 2hhlC ![]() 2hxpC ![]() 2hy3C ![]() 2i0oC ![]() 2i1yC ![]() 2i44C ![]() 2iq1C ![]() 2irmC ![]() 2nv5C ![]() 2oycC ![]() 2p27C ![]() 2p4uC ![]() 2p69C ![]() 2p8eC ![]() 2pbnC ![]() 2q5eC ![]() 2qjcC ![]() 2r0bC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40230.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pSGX4(BS) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 2M Li2So4, 0.5M Ammonium sulfate, 0.1M Na-citrate, ph 5.6, praseodymium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 54775 / Num. obs: 54775 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 5424 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: none 解像度: 1.9→43.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 68658.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: the missing residues listed in Remark 465 are due to lack of electron density.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.6401 Å2 / ksol: 0.35205 e/Å3 | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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