PDB-2p8m: Crystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Monoclonal Anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p8m

タイトル

Crystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Monoclonal Antibody 2F5 in complex with gp41 Peptide ELLELDKWASLWN in new crystal form

要素

gp41 peptide
nmAb 2F5, heavy chain
nmAb 2F5, light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / nmAb 2F5 / HIV-1 / gp41 epitope

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Julien, J.P. / Bryson, S. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural details of HIV-1 recognition by the broadly neutralizing monoclonal antibody 2F5: epitope conformation, antigen-recognition loop mobility, and anion-binding site.
著者: Julien, J.P. / Bryson, S. / Nieva, J.L. / Pai, E.F.

履歴

登録	2007年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p8m.cif.gz	90.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p8m.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p8m_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p8m_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	2p8m_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2p8m_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p8lC 2p8pC 2pr4C 3d0lC 3d0vC 3droC 3drqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xbp-1 6c5i-d 1jn6-d 6bi0-2 5ysl-2 6co3-d 3g5x-2 5vzy-d 2d03-d 6mee-1 6oed-2 3wif-d 3dro-d 6srv-2 4wht-1 1wcb-2 4hfw-1 6w05-d 5ywf-1 1rzg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nmAb 2F5, light chain

B: nmAb 2F5, heavy chain

C: gp41 peptide

50 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.800, 76.600, 93.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The Heavy and Light chains of the antibody assemble to form the Fab' fragment of nmAb 2F5

#1: 抗体	nmAb 2F5, light chain 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	nmAb 2F5, heavy chain 分子量: 24985.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	gp41 peptide 分子量: 1617.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: The Fab' fragment is first dialysed against 10mM NaPhosphate, pH 6.9, 0.05% Tween-20. Then, it is crystallized with conditions 0.1M NaCitrate, 20% 2-propanol, and 16-20% PEG 4K, pH 5.6, VAPOR ...詳細: The Fab' fragment is first dialysed against 10mM NaPhosphate, pH 6.9, 0.05% Tween-20. Then, it is crystallized with conditions 0.1M NaCitrate, 20% 2-propanol, and 16-20% PEG 4K, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The Fab' fragment is first dialysed against 10mM NaPhosphate, pH 6.9, 0.05% Tween-20. Then, it is crystallized with conditions 0.1M NaCitrate, 20% 2-propanol, and 16-20% PEG 4K, pH 5.6, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13025 / B_iso Wilson estimate: 29.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12
反射シェル	最高解像度: 2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.317

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→46.95 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1161957.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	632	5 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.223	12679	96.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 28.0981 Å² / k_sol: 0.394432 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.32 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3344	0	0	0	3344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	28.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.17

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.87 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	103	5 %
R_work	0.274	1938	-
obs	-	-	95.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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