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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ooq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Human Receptor Phosphatase PTPRT | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase T | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase / receptor / Human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-catenin binding / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / delta-catenin binding / alpha-catenin binding / cellular response to interleukin-6 / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / STAT family protein binding / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / plasma membrane => GO:0005886 / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...gamma-catenin binding / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / delta-catenin binding / alpha-catenin binding / cellular response to interleukin-6 / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / STAT family protein binding / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / plasma membrane => GO:0005886 / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein dephosphorylation / negative regulation of cell migration / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / beta-catenin binding / protein phosphatase binding / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / cadherin binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ugochukwu, E. / Alfano, I. / Barr, A. / Keates, T. / Eswaran, J. / Salah, E. / Savitsky, P. / Bunkoczi, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. ...Ugochukwu, E. / Alfano, I. / Barr, A. / Keates, T. / Eswaran, J. / Salah, E. / Savitsky, P. / Bunkoczi, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009 タイトル: Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome. 著者: Barr, A.J. / Ugochukwu, E. / Lee, W.H. / King, O.N. / Filippakopoulos, P. / Alfano, I. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N.A. / Muller, S. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ooq.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ooq.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ooq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ooq_validation.pdf.gz | 946.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ooq_full_validation.pdf.gz | 952.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ooq_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ooq_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ahsC 2b49C 2cfvC 2cjzC 2gjtC 2h4vC 2i75C 2jjdC 2nlkC 2nz6C 2oc3C 2p6xC 2pa5C 2qepC 3b7oC 1larS 1rpmS 2c7sS 2fh7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32763.082 Da / 分子数: 2 / 断片: PTPRT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRT, KIAA0283 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O14522, protein-tyrosine-phosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M LiCl, 0.1M HEPES, 20.0% PEG 6000, 10.0% Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→89.77 Å / Num. obs: 52802 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1RPM, 2C7S, 1LAR, 2FH7 解像度: 1.8→89.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.669 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.417 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→89.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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