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- PDB-2nlk: Crystal structure of D1 and D2 catalytic domains of human Protein... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nlk | ||||||
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Title | Crystal structure of D1 and D2 catalytic domains of human Protein Tyrosine Phosphatase Gamma (D1+D2 PTPRG) | ||||||
![]() | Protein tyrosine phosphatase, receptor type, G variant (Fragment) | ||||||
![]() | HYDROLASE / PTPRG / R-PTP gamma / Protein Tyrosine Phosphatase gamma / D3S1249 / HPTPG / RPTPG / PTPG / D1-D2 catalytic domains / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / plasma membrane => GO:0005886 / dephosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / brain development / negative regulation of neuron projection development ...negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / plasma membrane => GO:0005886 / dephosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / brain development / negative regulation of neuron projection development / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Gileadi, O. / Johansson, C. / Ugochukwu, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome. Authors: Barr, A.J. / Ugochukwu, E. / Lee, W.H. / King, O.N. / Filippakopoulos, P. / Alfano, I. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N.A. / Muller, S. / Knapp, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 97.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 422.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2ahsC ![]() 2b49C ![]() 2cfvC ![]() 2cjzC ![]() 2gjtC ![]() 2h4vSC ![]() 2i75C ![]() 2jjdC ![]() 2nz6C ![]() 2oc3C ![]() 2ooqC ![]() 2p6xC ![]() 2pa5C ![]() 2qepC ![]() 3b7oC ![]() 1gwzS ![]() 1h02S ![]() 1rpmS ![]() 1yf0S ![]() 2c7sS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 71766.344 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q59EE0, UniProt: P23470*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 10% PEG 10K, 100mM Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 19, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av σ(I) over netI: 5.9 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / D res high: 1.743 Å / D res low: 39.936 Å / Num. obs: 37418 / % possible obs: 99.5 / Redundancy: 4.2 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.4→39.936 Å / Num. all: 37606 / Num. obs: 37418 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRies 2H4V, 2C7S, 1RPM, 1YF0, 1H02, 1GWZ Resolution: 2.4→39.936 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 14.248 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.24 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.159 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→39.936 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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