PDB-2ojz: Anti-DNA antibody ED10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ojz

タイトル

Anti-DNA antibody ED10

要素

Fab ED10 heavy chain
Fab ED10 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Sanguineti, S. / Wilson, I.A. / de Prat-Gay, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Specific recognition of a DNA immunogen by its elicited antibody
著者: Sanguineti, S. / Centeno Crowley, J.M. / Lodeiro Merlo, M.F. / Cerutti, M.L. / Wilson, I.A. / Goldbaum, F.A. / Stanfield, R.L. / de Prat-Gay, G.

履歴

登録	2007年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE Currently, there is no aminoacid database reference available for the proteins

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ojz.cif.gz	172.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ojz.ent.gz	138.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ojz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ojz_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ojz_full_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示
XML形式データ	2ojz_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	2ojz_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ok0C 1ggiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uil-d 6ev2-1 6w7y-2 2a6k-1 1bog-d 1dbk-d 2w60-d 5xli-1 4uim-1 4evn-5 6ev2-2 1ae6-d 35c8-d 5u4r-1 3i9g-d 6rcs-d 1d5i-d 5vh3-2 1dfb-d 5dd6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab ED10 light chain

H: Fab ED10 heavy chain

M: Fab ED10 light chain

I: Fab ED10 heavy chain

95.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Fab ED10 light chain

H: Fab ED10 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Fab ED10 light chain

I: Fab ED10 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.899, 194.045, 61.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	M
1	2	H
2	2	I

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	L	A	1 - 107	1 - 112
2	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	M	C	1 - 107	1 - 112
1	3	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	L	A	108 - 213	113 - 218
2	4	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	M	C	108 - 213	113 - 218
1	1	2	GLU	GLU	SER	SER	1	H	B	1 - 113	1 - 116
2	2	2	GLU	GLU	SER	SER	1	I	D	1 - 113	1 - 116
1	3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	2	H	B	114 - 228	117 - 216
2	4	2	ALA	ALA	ARG	ARG	2	I	D	114 - 228	117 - 216

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	L M
2	H I

#1: 抗体	Fab ED10 light chain 分子量: 24148.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体	Fab ED10 heavy chain 分子量: 23491.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0N7J2*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, 25% MPEG 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.73→25.4 Å / Num. all: 27701 / Num. obs: 27701 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 47.2 Å² / R_sym value: 11 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.73→2.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2699 / R_sym value: 45.3 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ggi

1ggi

解像度: 2.73→25.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 27.962 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26438	1349	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
all	0.20423	26314	-	-
obs	0.20423	26314	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→25.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6688	0	0	20	6708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.951	9370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.09	3.003	11184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.199	5	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.065	24.403	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.249	15	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.954	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.102	0.2	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.268	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.996	1.5	5341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.2	1.5	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.251	2	7048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.838	3	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.668	4.5	2322

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	2069	tight positional	0.06	0.05
2	H	2138	tight positional	0.05	0.05
1	L	761	medium positional	0.42	0.5
2	H	633	medium positional	0.36	0.5
1	L	2069	tight thermal	0.13	0.5
2	H	2138	tight thermal	0.11	0.5
1	L	761	medium thermal	0.53	2
2	H	633	medium thermal	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 2.732→2.802 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	84	-
R_work	0.371	1619	-
obs	-	1619	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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