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万見
- PDB-1dbk: MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dbk
タイトルMOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY
要素
  • IGG1-KAPPA DB3 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-KAPPA DB3 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE / : / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arevalo, J.H. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Molecular basis of crossreactivity and the limits of antibody-antigen complementarity.
著者: Arevalo, J.H. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of Antibody Specificity: Detailed Comparison of Five Fab'-Steroid Complexes
著者: Arevalo, J.H. / Hassig, C.A. / Stura, E.A. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of an Anti-Steroid Fab' and Progesterone-Fab' Complex
著者: Arevalo, J.H. / Stura, E.A. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A.
#3: ジャーナル: Immunology / 年: 1987
タイトル: Analysis of an Anti-Progesterone Antibody: Variable Crystal Morphology of the Fab' and Steroid-Fab' Complexes
著者: Stura, E.A. / Arevalo, J.H. / Feinstein, A. / Heap, R.B. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A.
履歴
登録1993年8月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1-KAPPA DB3 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1-KAPPA DB3 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9243
ポリマ－47,6352
非ポリマー2881
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.760, 134.760, 124.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 / 4: CIS PROLINE - PRO H 149 / 5: CIS PROLINE - PRO H 151 / 6: CIS PROLINE - PRO H 202

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要素

#1: 抗体 IGG1-KAPPA DB3 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23880.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: GenBank: 1589925
#2: 抗体 IGG1-KAPPA DB3 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23754.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01868
#3: 化合物 ChemComp-ANO / 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE / 5β-アンドロスタン-3,17-ジオン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE MOLECULE (ANO) IS LOCATED BETWEEN THE COMPLEMENTARITY-DETERMINING ...THE 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE MOLECULE (ANO) IS LOCATED BETWEEN THE COMPLEMENTARITY-DETERMINING REGIONS L1, L3, H1, H2 AND H3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mammonium sulfate1reservoir
20.15 Mimidazole citrate1reservoir
30.002 %(w/v)PEG200001reservoir
41 %(v/v)ethanol1reservoir
55-10 mgFab1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.213 / Rfactor obs: 0.213 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 21 2 3377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.95
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.7 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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