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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j38 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX | ||||||
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![]() | HYDROLASE / GAMMA- CARBOXYGLUTAMIC ACID / SERINE PROTEASE / EGF-LIKE DOMAIN / BLOOD COAGULATION / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / HYDROXYLATION / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / CALCIUM / ZYMOGEN / COMPLEX / PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Senger, S. / Convery, M.A. / Chan, C. / Watson, N.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arylsulfonamides: A Study of the Relationship between Activity and Conformational Preferences for a Series of Factor Xa Inhibitors. 著者: Senger, S. / Convery, M.A. / Chan, C. / Watson, N.S. #1: ![]() タイトル: Factor Xa Inhibitors: S1 Binding Interactions of a Series of N-{(3S)-1-[(1S)-1-Methyl-2-Morpholin-4-Yl-2-Oxoethyl]-2-Oxopyrrolidin-3-Yl}Sulfonamides. 著者: Chan, C. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chaudry, L. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Hamblin, J.N. / Johnstone, L. / Kelly, H.A. / Kleanthous, S. / ...著者: Chan, C. / Borthwick, A.D. / Brown, D. / Burns-Kurtis, C.L. / Campbell, M. / Chaudry, L. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Hamblin, J.N. / Johnstone, L. / Kelly, H.A. / Kleanthous, S. / Patikis, A. / Patel, C. / Pateman, A.J. / Senger, S. / Shah, G.P. / Toomey, J.R. / Watson, N.S. / Weston, H.E. / Whitworth, C. / Young, R.J. / Zhou, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 785.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28550.596 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488 / 由来タイプ: 天然 詳細: PURCHASED FROM ENZYME RESEARCH LABS ISOLATED FROM HUMAN BLOOD 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15210.793 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179 / 由来タイプ: 天然 詳細: PURCHASED FROM ENZYME RESEARCH LABS ISOLATED FROM HUMAN BLOOD 由来: (天然) ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-GS5 / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SOME RESIDUES IN CHAIN ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY. SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1-45 (THE ...SOME RESIDUES IN CHAIN ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY. SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1-45 (THE GLA DOMAIN) WERE BIOCHEMICA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % 解説: THERE WERE ICE RINGS ON THE IMAGES WHICH AFFECT THE QUALITY OF THE DATA THOUGH THIS IS NOT APPARENT IN THE STATISTICS QUOTED |
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結晶化 | pH: 5.85 / 詳細: 16% PEG6K, 50MM MES PH5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 18209 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1EZQ 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.813 / SU B: 9.998 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.THE DATA AND MAPS ARE VERY NOISY.DETAILS OF THE COMPOUND AND PROTEIN ACTIVE SITE ARE CLEAR.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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