PDB-2ihd: Crystal structure of Human Regulator of G-protein signaling 8, RGS8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ihd

タイトル

Crystal structure of Human Regulator of G-protein signaling 8, RGS8

要素

Regulator of G-protein signaling 8

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RGS8 / RGS / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of dopamine receptor signaling pathway / neuronal cell body membrane / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / cytoplasmic side of plasma membrane / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G protein-coupled receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Bhatia, C. / Gileadi, O. / Bray, J. / Elkins, J. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...

履歴

登録	2006年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ihd.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ihd.ent.gz	31.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ihd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ihd_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ihd_full_validation.pdf.gz	424 KB	表示
XML形式データ	2ihd_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	2ihd_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zv4C 2a72C 2af0C 2bt2SC 2bv1C 2es0C 2gtpC 2i59C 2ihbC 2ik8C 2jm5C 2jnuC 2odeC 2owiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tj4-d 5ok8-3 2dwy-3 1x9x-d 1fxr-d 5nz3-1 4p0z-d 4yea-d 1rj4-2 2jnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Regulator of G-protein signaling 8

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.967, 65.967, 76.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-342- HOH

#1: タンパク質	Regulator of G-protein signaling 8 / RGS8 分子量: 18232.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS8 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3/Rosetta / 参照: UniProt: P57771
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.20M NaI; 20.0% PEG 3350; 10.0% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 17206 / Num. obs: 17199 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Swissmodel based on pdb entry 2BT2

2bt2

解像度: 1.7→27.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.803 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21119	878	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17524	-	-	-
all	0.17707	16320	-	-
obs	0.17707	16320	95.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	1	170	1214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.141	1.944	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.739	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.115	23.036	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.283	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.025	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.024	5	647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.192	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.135	7	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.384	9	456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.632	12	422

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.746 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	60	-
R_work	0.243	1256	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7685	0.8619	-0.1493	4.4938	-1.7568	2.6785	0.0681	0.1923	0.8379	-0.0818	-0.0006	-0.0752	-0.5561	-0.0687	-0.0676	0.1933	-0.028	0.0147	0.0513	0.0203	0.1774	23.1119	-4.0256	2.0716
2	2.5122	0.4654	2.6109	0.7763	1.4388	4.8464	-0.0568	0.0741	0.0283	-0.141	0.1086	0.1026	0.0636	-0.1027	-0.0518	0.0753	-0.024	-0.0171	0.0535	0.0036	0.0459	23.1978	-16.6517	7.4898
3	1.691	0.6175	0.8996	1.7957	1.8622	5.7165	-0.0565	-0.2132	0.0204	0.1355	0.0781	0.035	-0.0232	0.1613	-0.0216	0.076	0.0351	-0.0098	0.1292	-0.0156	0.088	29.4288	-14.6905	23.2787
4	4.9331	3.9049	0.2255	3.5058	-1.1486	4.2559	-0.3076	-0.0344	-0.5031	-0.347	0.1608	-0.4846	0.5239	0.1142	0.1468	0.165	0.0353	0.0305	0.049	-0.0199	0.1486	28.2783	-25.6984	12.8515
5	2.3252	-0.056	-0.354	2.5674	-0.2587	3.7784	-0.1549	-0.1248	-0.0366	0.045	0.0931	-0.2853	0.4557	0.4403	0.0619	0.1296	0.0523	0.0195	0.1458	-0.0285	0.102	37.1318	-19.2035	15.9492
6	12.3591	-5.3911	2.8675	6.048	-0.8905	10.8982	0.3584	0.846	0.3025	-0.7821	-0.4222	0.2243	-0.4671	-0.0675	0.0638	0.0808	0.0008	-0.01	-0.0304	0.0289	-0.0547	23.1219	-9.7982	-4.9392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	46 - 74	28 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	75 - 87	57 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	88 - 114	70 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	115 - 124	97 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	125 - 154	107 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	155 - 172	137 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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