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Yorodumi- PDB-4yea: Crystal structure of cisplatin bound to a human copper chaperone ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yea | ||||||
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Title | Crystal structure of cisplatin bound to a human copper chaperone (dimer) - new refinement | ||||||
Components | Copper transport protein ATOX1 | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Re-refinement of 3iwx / cisplatin / platinum / Metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.14 Å | ||||||
Authors | Shabalin, I.G. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin. Authors: Shabalin, I. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A. #1: Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2009 Title: Crystal structures of cisplatin bound to a human copper chaperone. Authors: Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yea.cif.gz | 70.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yea.ent.gz | 51.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yea.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4yea_validation.pdf.gz | 424.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4yea_full_validation.pdf.gz | 424.6 KB | Display | |
Data in XML | 4yea_validation.xml.gz | 8.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4yea_validation.cif.gz | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yea | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ydxC 4yemC 4yenC 4yeoC 3iwxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 7281.451 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ATOX1, HAH1 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O00244 #2: Chemical | ChemComp-CU / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 1.5 M LITHIUM SULFATE, 0.1M MES, 50 MM NACL, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 10562 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 23.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.18 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 3iwx Resolution: 2.14→25.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.2055 / WRfactor Rwork: 0.162 / FOM work R set: 0.8799 / SU B: 7.506 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1601 / SU Rfree: 0.1453 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THIS DEPOSIT RESULTED FROM AN ANALYSIS OF A NUMBER OF PDB ENTRIES THAT CONTAIN CISPLATIN OR CARBOPLATIN IN COMPLEX ...Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THIS DEPOSIT RESULTED FROM AN ANALYSIS OF A NUMBER OF PDB ENTRIES THAT CONTAIN CISPLATIN OR CARBOPLATIN IN COMPLEX WITH PROTEINS, CONDUCTED IN THE SPIRIT OF THE TERWILLIGER-BRICOGNE MOTTO ADVOCATING CONTINUOUS IMPROVEMENT OF THE MACROMOLECULAR MODELS IN THE PDB (ACTA CRYST. D70, 2533, 2014). THE STRUCTURE FACTORS AND COORDINATES, ORIGINALLY DEPOSITED AS 3IWX (BOAL, A. K. & ROSENZWEIG, A. C. 2009. J. AM. CHEM. SOC. 131, 14196-14197), WERE USED AS THE STARTING POINT FOR AN INDEPENDENT RE-REFINEMENT. THE NEW MODEL INCLUDES SOME REINTERPRETATION OF THE LIGANDS, HAS LOWER R FACTORS, AND IMPROVED STATISTICS DESCRIBING THE AGREEMENT WITH THE EXPERIMENTAL DATA.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.1 Å2 / Biso mean: 36.165 Å2 / Biso min: 23.58 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.14→25.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.143→2.198 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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