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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ok8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein Lpp20 (HP1456) from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | LPP20 lipoprotein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Virulence factor / Helicobacter pylori / Lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Lipoprotein LPP20 / Lipoprotein LPP20-like / LPP20 lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / LPP20 lipoprotein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zanotti, G. / Mishra, N. / Valesse, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Helicobacter pylori antigenic Lpp20 is a structural homologue of Tip alpha and promotes epithelial-mesenchymal transition. 著者: Vallese, F. / Mishra, N.M. / Pagliari, M. / Berto, P. / Codolo, G. / de Bernard, M. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19140.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lpp20, jhp_1349 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A0V1 #2: 化合物 | ChemComp-EPE / | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% PEG 6000 (solution number 44 of PEGS-II Suit screen, Quiagen, Germany) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→48.38 Å / Num. obs: 87448 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.992 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.874→48.377 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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