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万見
- PDB-2ib5: Structural characterization of a blue chromoprotein and its yello... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ib5
タイトルStructural characterization of a blue chromoprotein and its yellow mutant from the sea anemone cnidopus japonicus
要素Chromo protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / alpha helix / chromoprotein / chromophore / blue / GFP-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chromo protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cnidopus japonicus (コモチイソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chan, M.C.Y. / Bosanac, I. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Characterization of a Blue Chromoprotein and Its Yellow Mutant from the Sea Anemone Cnidopus Japonicus
著者: Chan, M.C.Y. / Karasawa, S. / Mizuno, H. / Bosanac, I. / Ho, D. / Prive, G.G. / Miyawaki, A. / Ikura, M.
履歴
登録2006年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromo protein
B: Chromo protein
C: Chromo protein
D: Chromo protein
E: Chromo protein
F: Chromo protein
G: Chromo protein
H: Chromo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,25724
ポリマ－214,7388
非ポリマー1,52016
水23,9241328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Chromo protein
B: Chromo protein
C: Chromo protein
D: Chromo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,12912
ポリマ－107,3694
非ポリマー7608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA
3
E: Chromo protein
F: Chromo protein
G: Chromo protein
H: Chromo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,12912
ポリマ－107,3694
非ポリマー7608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.860, 126.850, 100.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a octomer generated from the tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Chromo protein / cjBlue


分子量: 26842.227 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cnidopus japonicus (コモチイソギンチャク)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0AQQ7
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES GLN 63, TYR 64 AND GLY 65 ARE MODIFIED TO FORM A CHROMOPHORE (CRQ 65) IN ALL CHAINS. ...RESIDUES GLN 63, TYR 64 AND GLY 65 ARE MODIFIED TO FORM A CHROMOPHORE (CRQ 65) IN ALL CHAINS. RESIDUE LEU 64 WAS ENGINEERED FROM TYR OCCURS NATURALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaH2PO4, 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 20% PEG3350, 20% glycerol, 2mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月9日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator #1 high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator #2 double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 335346 / Num. obs: 335346 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 52.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 16336 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 8101 -random
Rwork0.195 ---
obs0.195 332364 100 %-
all-332364 --
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14384 0 80 1328 15792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.673
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.06
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.36
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 847 -
Rwork0.22 --
obs--93.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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