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- PDB-3hlb: Simvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded,... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hlb | ||||||
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Title | Simvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded, selenomethionyl derivative | ||||||
![]() | Transesterase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha/beta hydrolase fold | ||||||
Function / homology | ![]() monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Laidman, J. / Pashkov, I. / Gao, X. / Tang, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Directed evolution and structural characterization of a simvastatin synthase Authors: Gao, X. / Xie, X. / Pashkov, I. / Sawaya, M.R. / Laidman, J. / Zhang, W. / Cacho, R. / Yeates, T.O. / Tang, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 252.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 488.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 527.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hl9SC ![]() 3hlcC ![]() 3hldC ![]() 3hleC ![]() 3hlfC ![]() 3hlgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 4
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 48108.629 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C40A, C60N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 22% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.25 M ammonium sulfate, 10 mM dithiothreitol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→54.39 Å / Num. all: 50258 / Num. obs: 50258 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 10.24 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2603 / Χ2: 1.022 / % possible all: 46.7 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3HL9 Resolution: 2.5→54.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.295 / WRfactor Rwork: 0.252 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.78 / SU B: 32.917 / SU ML: 0.326 / SU R Cruickshank DPI: 0.337 / SU Rfree: 0.395 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.86 Å2 / Biso mean: 51.757 Å2 / Biso min: 32.14 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→54.39 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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