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- PDB-3hl9: Simvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hl9
タイトルSimvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded
要素Transesterase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monacolin J acid methylbutanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Laidman, J. / Pashkov, I. / Gao, X. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Directed evolution and structural characterization of a simvastatin synthase
著者: Gao, X. / Xie, X. / Pashkov, I. / Sawaya, M.R. / Laidman, J. / Zhang, W. / Cacho, R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transesterase
B: Transesterase
C: Transesterase
D: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,4354
ポリマ－192,4354
非ポリマー00
水00
1
A: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1091
ポリマ－48,1091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1091
ポリマ－48,1091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1091
ポリマ－48,1091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1091
ポリマ－48,1091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.721, 79.744, 104.115
Angle α, β, γ (deg.)94.110, 91.560, 106.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 10 - 408 / Label seq-ID: 29 - 427

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Transesterase / LovD


分子量: 48108.629 Da / 分子数: 4 / 変異: C40A, C60N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)with bioH knockout / 参照: UniProt: Q9Y7D1

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.25 M ammonium sulfate, 10 mM dithiothreitol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→76.03 Å / Num. obs: 23701 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.235 / Net I/σ(I): 4.974
反射 シェル解像度: 3.4→3.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IC9

1ic9


解像度: 3.4→76.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 83.138 / SU ML: 0.59 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.708 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1216 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 23673 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-3.61 Å2-2.28 Å2
2--0.86 Å22.1 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→76.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12328 0 0 0 12328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02212588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.97217044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933321232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.551564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84523.289608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61152136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.03615128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.58627812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.12623180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.954312508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52724776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.78334536
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5204 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.030.05
Btight positional0.030.05
Ctight positional0.030.05
Dtight positional0.030.05
Atight thermal0.060.5
Btight thermal0.060.5
Ctight thermal0.050.5
Dtight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 95 -
Rwork0.319 1574 -
obs--94.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8362-0.39920.97651.3507-0.21162.51520.0151-0.0379-0.11870.0928-0.03350.0057-0.0183-0.09340.01840.0178-0.00790.01270.0077-0.00810.03680.942-1.6590.1794
21.69910.38910.45632.1619-0.61982.89750.0945-0.1277-0.05320.1687-0.0668-0.0099-0.1963-0.0558-0.02770.0411-0.01380.01870.0137-0.00530.0319-12.959-34.2849-2.8425
31.72470.12050.70281.6355-0.05444.03570.04230.0307-0.0076-0.1671-0.0081-0.04820.04790.0003-0.03420.0384-0.00090.03980.02510.01970.0895-40.1781-29.2379-47.4844
42.97370.06282.0411.9166-0.54394.0875-0.2192-0.19250.19530.2162-0.0406-0.1021-0.405-0.10210.25980.0949-0.0149-0.00820.0517-0.00340.1167-33.27814.541-54.7463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 408
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 408
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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