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- PDB-4c0z: The N-terminal domain of the Streptococcus pyogenes pilus tip adh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c0z
タイトルThe N-terminal domain of the Streptococcus pyogenes pilus tip adhesin Cpa
要素ANCILLARY PROTEIN 2
キーワードCELL ADHESION / THIOESTER-DOMAIN / PILUS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA polymerase; domain 1 - #480 / Thioester domain / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain ...: / DNA polymerase; domain 1 - #480 / Thioester domain / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / SH3 type barrels. / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / SPERMIDINE / Pilus tip adhesin Cpa
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Linke-Winnebeck, C. / Paterson, N. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Model for the Covalent Adhesion of the Streptococcus Pyogenes Pilus Through a Thioester Bond.
著者: Linke-Winnebeck, C. / Paterson, N.G. / Young, P.G. / Middleditch, M.J. / Greenwood, D.R. / Witte, G. / Baker, E.N.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANCILLARY PROTEIN 2
B: ANCILLARY PROTEIN 2
C: ANCILLARY PROTEIN 2
D: ANCILLARY PROTEIN 2
E: ANCILLARY PROTEIN 2
F: ANCILLARY PROTEIN 2
G: ANCILLARY PROTEIN 2
H: ANCILLARY PROTEIN 2
I: ANCILLARY PROTEIN 2
J: ANCILLARY PROTEIN 2
K: ANCILLARY PROTEIN 2
L: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,47238
ポリマ－298,54312
非ポリマー1,92926
水17,745985
1
I: ANCILLARY PROTEIN 2
J: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0305
ポリマ－49,7572
非ポリマー2733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
A: ANCILLARY PROTEIN 2
B: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1398
ポリマ－49,7572
非ポリマー3826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-48.2 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
3
C: ANCILLARY PROTEIN 2
D: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1256
ポリマ－49,7572
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
4
E: ANCILLARY PROTEIN 2
F: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0686
ポリマ－49,7572
非ポリマー3114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-24.6 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
5
G: ANCILLARY PROTEIN 2
H: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0447
ポリマ－49,7572
非ポリマー2875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-36.6 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
6
K: ANCILLARY PROTEIN 2
L: ANCILLARY PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0656
ポリマ－49,7572
非ポリマー3084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.220, 132.220, 136.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
ANCILLARY PROTEIN 2 / CPA


分子量: 24878.572 Da / 分子数: 12 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 8-222 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT SPERMIDINE CROSS-LINK BETWEEN Q211 OF A AND B, C AND D, E AND F, G AND H, I AND J, K AND L
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: 90/306S / 解説: NEW ZEALAND / プラスミド: PPROEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S5FV19

-
非ポリマー , 5種, 1011分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SPERMIDINE (SPD): COVALENT LINK WITH GLN 211

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING MAD USING A SELENOMETHIONINE-DERIVATIVE. INITIAL MODEL WAS USED TO SOLVE THE NATIVE DATASET USED FOR BUILDING OF FINAL MODEL.
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 16 % PEG3350, 0.3 M KH2PO4, pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.91 Å / Num. obs: 1069788 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 36.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 4.94
反射 シェル解像度: 2→2 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9477 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9277 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
詳細: CHAINS A, B, C, D, E, F, G, H IN RELIABLE ELECTRON DENSITY. CHAINS K, L LESS SO. CHAINS K, L WERE MODELLED BASED ON CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 9223 5.12 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2026 180308 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1959 Å20 Å20 Å2
2---2.1959 Å20 Å2
3---4.3919 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.307 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20385 0 107 985 21477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0121104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0528594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes685HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2913HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21104HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2637SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24168SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1131 8.54 %
Rwork0.2206 12116 -
all0.2224 13247 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6757-0.38660.26591.4944-0.21882.10680.01790.1338-0.1186-0.0508-0.0531-0.07930.22940.30410.0352-0.05180.07980.00640.0101-0.0398-0.1339-47.50123.029367.1496
22.58980.5874-0.58662.613-1.15983.1185-0.3599-0.2037-0.5335-0.0147-0.0583-0.34690.2799-0.11720.4182-0.12590.06480.1191-0.2060.03-0.0116-24.4325-3.374943.8526
31.4742-0.5486-0.01511.92630.00653.80680.01510.24250.2555-0.097-0.06370.0813-0.4574-0.69610.0486-0.25540.0354-0.05020.0287-0.0323-0.0642-16.606616.783599.4152
41.3172-0.00931.18181.2905-0.08653.43790.19860.1691-0.22870.03010.1248-0.10680.59970.4216-0.3235-0.02360.0783-0.0617-0.08-0.0967-0.1257-47.096823.141-1.7722
53.78140.36740.48131.28210.48432.5049-0.04520.0653-0.20240.1441-0.11830.2180.3712-0.26380.1635-0.182-0.02310.0487-0.1066-0.1206-0.0115-23.2977-4.5918114.601
62.16340.4565-0.52114.6108-1.86452.7976-0.24480.08640.01320.0223-0.1766-0.5565-0.32430.05480.4214-0.111-0.0074-0.0523-0.22080.0339-0.1081-16.58618.128329.7719
72.2916-0.7265-0.71952.16280.49462.92450.22250.09020.3656-0.2012-0.0339-0.3804-0.54890.3506-0.1886-0.0525-0.07340.0332-0.1146-0.0085-0.1318-43.177845.260381.8208
82.1453-0.1009-0.12752.3729-0.22642.0840.07370.0798-0.13310.01070.0740.4647-0.2418-0.1852-0.1477-0.06430.007-0.0471-0.14250.0482-0.0599-23.613971.5419108.23
94.14580.4244-0.01991.47040.70493.34830.1363-0.6551-1.21050.2453-0.0591-0.07990.64570.0455-0.0772-0.1416-0.0106-0.1057-0.24230.23920.0278-9.378853.583153.9036
102.1620.12770.50821.1250.15212.3543-0.1480.10270.15160.04220.1537-0.1795-0.17730.3644-0.0057-0.1016-0.0282-0.0161-0.0177-0.0407-0.0929-42.883745.530812.7708
112.9549-0.2832-0.88651.89691.18943.74450.19390.0492-0.1057-0.1099-0.27850.2256-0.5088-0.41790.0845-0.06190.0791-0.0583-0.1137-0.0079-0.1504-23.818771.038239.5648
122.07540.24120.22272.29970.60082.7208-0.0020.0475-0.35520.01190.10860.09450.23610.3353-0.1065-0.14410.0398-0.0053-0.07060.0481-0.0622-9.561654.201123.38
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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