PDB-4pn3: Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase from Brucell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pn3

タイトル

Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase from Brucella melitensis

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Brucella melitensis 64/150 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pn3.cif.gz	713.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pn3.ent.gz	594.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o5o-1 3ppi-d 3ay7-1 1zk2-1 6ci8-1 4gkb-d 4m8s-d 3aus-1 4cql-3 3tmr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrmeB.00010.g

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

E: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

F: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

G: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

H: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

219 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

F: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

G: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

H: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.840, 72.840, 350.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	-4 - 255	4 - 263
2	1	LYS	LYS	B	B	-4 - 255	4 - 263
1	2	ALA	ALA	A	A	-3 - 254	5 - 262
2	2	ALA	ALA	C	C	-3 - 254	5 - 262
1	3	LYS	LYS	A	A	-4 - 255	4 - 263
2	3	LYS	LYS	D	D	-4 - 255	4 - 263
1	4	ALA	ALA	A	A	-1 - 254	7 - 262
2	4	ALA	ALA	E	E	-1 - 254	7 - 262
1	5	LYS	LYS	A	A	-3 - 255	5 - 263
2	5	LYS	LYS	F	F	-3 - 255	5 - 263
1	6	ALA	ALA	A	A	0 - 254	8 - 262
2	6	ALA	ALA	G	G	0 - 254	8 - 262
1	7	LYS	LYS	A	A	-4 - 255	4 - 263
2	7	LYS	LYS	H	H	-4 - 255	4 - 263
1	8	ALA	ALA	B	B	-3 - 254	5 - 262
2	8	ALA	ALA	C	C	-3 - 254	5 - 262
1	9	LYS	LYS	B	B	-4 - 255	4 - 263
2	9	LYS	LYS	D	D	-4 - 255	4 - 263
1	10	ALA	ALA	B	B	-1 - 254	7 - 262
2	10	ALA	ALA	E	E	-1 - 254	7 - 262
1	11	LYS	LYS	B	B	-3 - 255	5 - 263
2	11	LYS	LYS	F	F	-3 - 255	5 - 263
1	12	ALA	ALA	B	B	0 - 254	8 - 262
2	12	ALA	ALA	G	G	0 - 254	8 - 262
1	13	LYS	LYS	B	B	-4 - 255	4 - 263
2	13	LYS	LYS	H	H	-4 - 255	4 - 263
1	14	LYS	LYS	C	C	-3 - 255	5 - 263
2	14	LYS	LYS	D	D	-3 - 255	5 - 263
1	15	ALA	ALA	C	C	-1 - 254	7 - 262
2	15	ALA	ALA	E	E	-1 - 254	7 - 262
1	16	LYS	LYS	C	C	-3 - 255	5 - 263
2	16	LYS	LYS	F	F	-3 - 255	5 - 263
1	17	ALA	ALA	C	C	0 - 254	8 - 262
2	17	ALA	ALA	G	G	0 - 254	8 - 262
1	18	LYS	LYS	C	C	-3 - 255	5 - 263
2	18	LYS	LYS	H	H	-3 - 255	5 - 263
1	19	LYS	LYS	D	D	-1 - 255	7 - 263
2	19	LYS	LYS	E	E	-1 - 255	7 - 263
1	20	LYS	LYS	D	D	-3 - 255	5 - 263
2	20	LYS	LYS	F	F	-3 - 255	5 - 263
1	21	LYS	LYS	D	D	0 - 255	8 - 263
2	21	LYS	LYS	G	G	0 - 255	8 - 263
1	22	ALA	ALA	D	D	-4 - 254	4 - 262
2	22	ALA	ALA	H	H	-4 - 254	4 - 262
1	23	LYS	LYS	E	E	-1 - 255	7 - 263
2	23	LYS	LYS	F	F	-1 - 255	7 - 263
1	24	ALA	ALA	E	E	0 - 254	8 - 262
2	24	ALA	ALA	G	G	0 - 254	8 - 262
1	25	LYS	LYS	E	E	-1 - 255	7 - 263
2	25	LYS	LYS	H	H	-1 - 255	7 - 263
1	26	LYS	LYS	F	F	0 - 255	8 - 263
2	26	LYS	LYS	G	G	0 - 255	8 - 263
1	27	LYS	LYS	F	F	-3 - 255	5 - 263
2	27	LYS	LYS	H	H	-3 - 255	5 - 263
1	28	LYS	LYS	G	G	0 - 255	8 - 263
2	28	LYS	LYS	H	H	0 - 255	8 - 263

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase 分子量: 27322.477 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis 64/150 (マルタ熱菌) 遺伝子: C045_02890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N7K0F6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: JCSG+ f4: 0.1M Hepes pH6.5, 20% Jeffamine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.547
1	1	K, H, -L	2	0.453

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 96319 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TPC

3tpc

解像度: 2.15→47.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / SU B: 14.444 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26393	1885	2 %	RANDOM
R_work	0.23631	-	-	-
obs	0.23685	94319	97.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.27 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.27 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→47.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14442	0	32	497	14971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	14685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	14367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.96	19911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	3	32748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.803	23.653	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.671	15	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.618	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	17240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.058	1.265	8175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.058	1.265	8173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.736	1.893	10198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.736	1.893	10199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.014	1.293	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.014	1.293	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.62	1.919	9714
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.79	10.008	16181
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.703	9.95	16079
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14180	0.08
1	2	B	14180	0.08
2	1	A	13998	0.08
2	2	C	13998	0.08
3	1	A	13664	0.08
3	2	D	13664	0.08
4	1	A	14253	0.08
4	2	E	14253	0.08
5	1	A	13886	0.08
5	2	F	13886	0.08
6	1	A	13830	0.08
6	2	G	13830	0.08
7	1	A	13586	0.07
7	2	H	13586	0.07
8	1	B	13809	0.07
8	2	C	13809	0.07
9	1	B	13302	0.08
9	2	D	13302	0.08
10	1	B	14324	0.06
10	2	E	14324	0.06
11	1	B	13884	0.07
11	2	F	13884	0.07
12	1	B	13846	0.07
12	2	G	13846	0.07
13	1	B	13422	0.07
13	2	H	13422	0.07
14	1	C	13213	0.07
14	2	D	13213	0.07
15	1	C	14096	0.06
15	2	E	14096	0.06
16	1	C	13966	0.07
16	2	F	13966	0.07
17	1	C	13754	0.07
17	2	G	13754	0.07
18	1	C	13399	0.07
18	2	H	13399	0.07
19	1	D	13508	0.07
19	2	E	13508	0.07
20	1	D	13388	0.07
20	2	F	13388	0.07
21	1	D	13317	0.08
21	2	G	13317	0.08
22	1	D	13323	0.07
22	2	H	13323	0.07
23	1	E	13942	0.06
23	2	F	13942	0.06
24	1	E	14114	0.07
24	2	G	14114	0.07
25	1	E	13500	0.06
25	2	H	13500	0.06
26	1	F	13703	0.07
26	2	G	13703	0.07
27	1	F	13620	0.06
27	2	H	13620	0.06
28	1	G	13431	0.06
28	2	H	13431	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	145	5 %
R_work	0.274	7091	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4642	0.1528	0.0839	0.3653	-0.0657	0.0472	-0.0524	-0.0442	0.079	0.1024	0.0093	-0.1654	-0.0741	-0.0119	0.0431	0.2874	-0.0609	0.0571	0.1405	-0.0207	0.2294	98.4592	51.1935	-20.4107
2	0.2947	0.4345	-0.2889	0.6559	-0.5101	1.0496	-0.0424	0.0031	-0.0502	-0.0188	0.0164	-0.0795	-0.0451	-0.0184	0.026	0.2475	-0.0032	0.0464	0.1653	0.0013	0.2021	89.8094	44.3314	-25.3807
3	0.3613	-0.2774	0.1775	0.6717	-0.377	0.8232	-0.0346	-0.0052	-0.0274	0.0904	0.0782	-0.064	-0.0382	0.076	-0.0437	0.2166	-0.0325	0.0392	0.1475	0.0136	0.2474	100.2525	33.9723	-16.2318
4	0.2139	-0.0922	-0.2677	0.6005	-0.0044	0.4715	-0.0586	-0.0453	-0.0632	-0.251	-0.0144	-0.181	0.0917	0.0255	0.073	0.2612	-0.0087	0.0917	0.1008	-0.0216	0.292	104.092	14.6945	-36.0455
5	4.6662	0.2061	1.6751	0.4313	0.2946	0.9287	-0.025	0.1316	-0.1709	-0.1334	0.0144	0.0138	0.036	0.1116	0.0106	0.2306	-0.0098	0.0164	0.1501	0.0107	0.2696	92.7489	9.6463	-29.6827
6	0.3396	0.0501	0.0397	0.4674	-0.0432	0.4654	-0.0396	0.0034	-0.0622	-0.1566	0.0251	-0.0419	0.0197	-0.0064	0.0145	0.2507	-0.0318	0.0576	0.1191	-0.0183	0.2563	92.344	24.9198	-32.4325
7	2.7061	-0.4298	0.8349	0.0896	-0.3717	3.1224	0.2025	-0.3679	-0.3423	-0.0482	0.0402	0.0391	0.1573	-0.4496	-0.2427	0.1547	-0.1235	-0.0372	0.1514	0.1284	0.434	59.3266	9.8239	-15.7256
8	3.1065	-0.3178	-0.6568	0.0659	0.0186	0.2197	-0.0221	-0.0781	-0.4946	-0.0833	0.0136	0.132	0.1368	0.0181	0.0085	0.3068	-0.0477	-0.0894	0.0457	0.0331	0.4499	72.4829	2.1817	-20.847
9	0.3711	-0.3885	0.183	0.5029	-0.0199	0.4514	0.0383	-0.1012	-0.1839	-0.075	0.073	0.1269	-0.0622	-0.1077	-0.1113	0.1786	-0.0471	-0.0083	0.1888	0.0718	0.2953	72.4595	16.5817	-17.6428
10	0.1977	-1.2021	0.0666	8.3145	-0.5804	0.0656	0.0685	-0.0089	0.0424	0.1096	-0.0099	0.0582	-0.0551	-0.0477	-0.0586	0.2475	-0.0066	0.0848	0.3326	0.046	0.2754	59.798	23.342	-0.233
11	0.3862	0.1638	-0.186	0.2379	-0.1989	0.2147	-0.0159	-0.076	0.0277	-0.002	0.0986	0.0707	-0.0935	-0.0695	-0.0827	0.2453	0.0536	0.0662	0.212	0.0631	0.1825	67.6959	43.5585	-9.3689
12	0.241	-0.1931	0.2679	0.4038	0.1249	1.0315	0.0838	-0.0674	-0.1104	-0.029	0.1275	0.0729	-0.0826	-0.0784	-0.2113	0.2154	0.0147	0.0359	0.2273	0.0733	0.188	67.0571	31.8281	-17.3199
13	1.5348	0.0344	-0.6814	1.3828	-0.5383	0.5379	0.0333	-0.1153	0.3899	0.0163	0.1005	0.0031	0.0293	0.0825	-0.1338	0.1642	-0.0215	0.0314	0.2107	-0.0489	0.2967	83.1491	68.348	-59.1069
14	1.2205	0.6138	0.4596	1.0051	0.84	0.7626	0.0602	0.0724	0.1341	-0.1061	0.0639	-0.0765	-0.0582	0.1637	-0.1241	0.2158	-0.0047	0.0114	0.2555	-0.025	0.1475	90.8595	59.8399	-69.4505
15	0.5895	-0.317	0.4914	0.4019	-0.0133	0.7666	0.0042	0.054	0.0927	-0.0047	-0.0118	-0.0056	-0.0032	0.0627	0.0076	0.1639	-0.019	0.0128	0.2273	-0.0332	0.2371	77.1019	57.2715	-65.617
16	0.7625	-0.1774	-0.1137	0.1522	0.0238	0.2242	0.0136	-0.1897	0.1302	-0.079	0.01	0.0748	0.0498	-0.0506	-0.0236	0.1302	0.0138	0.0239	0.2267	-0.0755	0.2699	50.8945	63.3736	-53.2736
17	1.3499	-0.5134	-0.2658	3.6516	-1.2432	0.5771	-0.0291	0.0552	0.0681	0.2446	0.0375	0.032	-0.0786	-0.044	-0.0084	0.1611	-0.0237	0.0011	0.2522	-0.0274	0.2622	54.2806	53.6029	-62.3519
18	0.6941	-0.5444	0.4854	0.4454	-0.4145	0.9624	-0.0914	-0.1151	0.0021	0.0495	0.0521	0.049	0.0599	-0.1274	0.0393	0.1939	-0.0062	0.0399	0.2428	-0.0578	0.2304	66.1537	56.2565	-50.8217
19	0.3404	0.2435	0.0566	0.2057	0.1425	1.035	-0.0413	0.0293	0.0556	-0.0101	-0.0143	0.1581	0.2334	-0.2304	0.0556	0.107	-0.0913	-0.079	0.0828	0.0207	0.6018	40.9514	26.3055	-66.6504
20	0.1242	-0.25	-0.1193	0.5233	0.2434	0.1508	-0.0022	-0.0385	-0.0626	0.0114	0.0253	0.173	0.0407	-0.0205	-0.023	0.1756	-0.0671	-0.0397	0.2048	0.0357	0.3288	49.1093	39.7582	-64.3914
21	0.4128	0.1927	-0.0669	1.1236	-0.1192	1.1414	0.0443	-0.0106	0.031	-0.091	0.1303	0.2565	0.036	-0.0685	-0.1746	0.1947	-0.0222	-0.0579	0.1898	-0.0091	0.2547	56.7529	35.5755	-76.4558
22	2.3369	-0.2379	1.3136	0.0684	-0.1376	2.061	-0.0805	-0.1005	-0.1843	-0.0094	0.0959	0.0363	0.1954	0.1769	-0.0153	0.2798	0.0426	-0.086	0.2106	-0.0531	0.2038	75.7692	20.1539	-81.2151
23	0.2509	0.153	0.2527	0.1537	0.1404	0.5457	0.0422	0.0527	-0.0429	-0.0189	0.0219	0.0419	0.086	0.1212	-0.0641	0.2146	0.0316	-0.0268	0.2687	-0.063	0.1821	79.7776	35.9966	-77.0785
24	0.9155	0.0958	0.4339	0.668	-0.5147	1.1941	0.0961	-0.1054	-0.0556	0.0109	0.0761	0.0777	0.0379	-0.0202	-0.1722	0.1972	0.0216	-0.0554	0.2067	-0.0337	0.2052	68.2758	28.5279	-65.7331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-4 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	99 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	138 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	-3 - 34
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	35 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	115 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	-5 - 7
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	8 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	177 - 255
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	-1 - 28
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	29 - 109
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	110 - 255
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	-3 - 154
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	155 - 184
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	185 - 255
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	0 - 93
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	94 - 207
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	208 - 255
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	-4 - 55
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	56 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	190 - 255

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)