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万見
- PDB-2ib6: Structural characterization of a blue chromoprotein and its yello... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ib6
タイトルStructural characterization of a blue chromoprotein and its yellow mutant from the sea anemone cnidopus japonicus
要素Yellow mutant chromo protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / alpha helix / chromoprotein / yellow / chromophore / GFP-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cj-Blue Y64L
類似検索 - 構成要素
生物種Cnidopus japonicus (コモチイソギンチャク)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chan, M.C.Y. / Bosanac, I. / Ho, D. / Prive, G. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Characterization of a Blue Chromoprotein and Its Yellow Mutant from the Sea Anemone Cnidopus Japonicus
著者: Chan, M.C.Y. / Karasawa, S. / Mizuno, H. / Bosanac, I. / Ho, D. / Prive, G.G. / Miyawaki, A. / Ikura, M.
履歴
登録2006年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yellow mutant chromo protein
B: Yellow mutant chromo protein
C: Yellow mutant chromo protein
D: Yellow mutant chromo protein
E: Yellow mutant chromo protein
F: Yellow mutant chromo protein
G: Yellow mutant chromo protein
H: Yellow mutant chromo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,85724
ポリマ－214,3388
非ポリマー1,52016
水24,1401340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
3
A: Yellow mutant chromo protein
B: Yellow mutant chromo protein
C: Yellow mutant chromo protein
D: Yellow mutant chromo protein
F: Yellow mutant chromo protein
G: Yellow mutant chromo protein
H: Yellow mutant chromo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,06523
ポリマ－187,5457
非ポリマー1,52016
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13490 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.079, 126.926, 100.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a octomer generated from the tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Yellow mutant chromo protein / cjBlue


分子量: 26792.211 Da / 分子数: 8 / 変異: Y64L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cnidopus japonicus (コモチイソギンチャク)
プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A0AQQ8
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaH2PO4, 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 20% PEG3350, 20% glycerol, 2mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月28日 / 詳細: Helios Multilayer Graded X-ray Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 121926 / Num. obs: 121926 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 39.65
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 10246 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
CNS精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IB5

2ib5


解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 5761 -random
Rwork0.198 ---
obs0.198 113671 80.3 %-
all-113671 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14352 0 80 1340 15772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.644
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.196
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.748
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.154
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.294
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 498 -
Rwork0.25 --
obs--80.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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